Le 23 juin 1988, Lionel Jospin succède à René Monory. Il sera ministre de l’Éducation nationale jusqu’au 2 avril 1992. Claude Allègre est alors son « conseiller spécial », particulièrement en charge des enseignements supérieurs. Nommé par la suite, le 2 juin 1997, Premier ministre d’un gouvernement dit de cohabitation, Lionel Jospin conservera ce poste jusqu’au 7 mai 2002. Claude Allègre sera alors son ministre de l’Éducation nationale, mais jusqu’au 25 mars 2000 seulement, puisqu’il fut contraint à la démission à la suite de manifestations d’enseignants.
Dès le 16 juin 1988, dans son intervention devant le Haut Comité éducation-économie, mais aussi par courrier adressé à son président, Lionel Jospin avait souligné l’importance qu’il attachait au Haut Comité, celui-ci « ayant en trois années et demie d’existence, auprès de deux ministres différents, prouvé sa crédibilité et son efficacité ».
Il poursuit alors : « Vous avez affirmé – c’est d’ailleurs la vocation de votre Comité – la nécessité d’inscrire l’action de l’Éducation nationale dans le cadre d’un projet à long terme élaboré, autant que possible, avec la participation de l’ensemble des partenaires du système éducatif, ce qui veut dire à l’intérieur de l’école soutenue au sens large et aussi à l’extérieur de celle-ci. Je tiens à préciser qu’une telle vision rejoint la mienne […]. En tout cas, le projet à long terme qu’il faut mettre en œuvre doit reposer sur des études prospectives qui prennent en compte l’évolution des sciences, des techniques, de l’économie, d’une façon plus générale de la société, et je me félicite que vous ayez réintroduit les études prospectives au sein de ce ministère, d’où elles avaient été absentes pendant longtemps…