Les points de contact entre Descartes et le libertinage érudit, à l’exception des formes tardives de la querelle de l’âme des bêtes, sont remarquablement peu nombreux. Quand Descartes entend réfuter une conception développée par les libertins, il polémique contre Montaigne et Charron qui en sont les sources privilégiées sur les points qu’il aborde : scepticisme, intelligence des bêtes, valeur coutumière des mœurs, nécessité de ne mettre en cause par sa réflexion ni les coutumes ni les institutions ni l’exercice du pouvoir. A l’exception de ces rares exemples, il n’est sans doute pas d’entreprises plus étrangères l’une à l’autre que le libertinage érudit et la philosophie cartésienne, qui s’élaborent pendant la même période et contribuent chacune pour soi à la reconnaissance de l’indépendance de la philosophie à l’égard de la théologie et à l’émergence d’une raison indépendante, source et condition de toute connaissance. Cette ignorance réciproque est d’autant plus étonnante que Descartes, lorsqu’il passe à Paris, fréquente les mêmes cercles savants que les libertins. C’est Marin Mersenne, l’un des polémistes antilibertins les plus actifs dans sa jeunesse, qui est son principal correspondant. Ce dernier a depuis noué des relations à l’intérieur de la République des Lettres avec La Mothe le Vayer, notamment. Il a avec Naudé des correspondants et des amis communs, comme Peiresc à Aix. Le cartésianisme, à l’exception peut-être des précautions relatives au scepticisme et aux sceptiques, ignore le libertinage qui ne s’en préoccupe pas davantage…