En 1878 paraissent les notes posthumes écrites peu avant sa mort par Claude Bernard, qui remettent en question la théorie de Pasteur sur la fermentation alcoolique. Cette publication connaît un retentissement important, au-delà du monde scientifique. L’affrontement, par-delà la tombe, entre les deux savants français les plus connus de leur temps n’aura pas cessé, depuis un siècle et demi, d’être scruté, avec l’espoir d’en comprendre les raisons précises et ainsi d’éclairer les personnalités des deux protagonistes. Il permit à Pasteur d’apporter en faveur de sa théorie de la fermentation et contre l’existence de la génération spontanée des arguments expérimentaux nouveaux, et d’atténuer — sans les faire disparaître — des débats qui s’étaient prolongés depuis la fin des années 1850 et le début des années 1860. Cette dispute fut aussi l’occasion pour lui de préciser et même parfois de modifier sa théorie. Presque simultanément, il mettra un terme à ses recherches sur les maladies des vers à soie et en particulier sur la flacherie. Alors que son travail scientifique connaît une réorientation majeure, le mariage de Marie-Louise va bouleverser la vie familiale.
La durée des débats auxquels Pasteur participa peut s’expliquer en partie par son désir de faire plier ses adversaires, de les forcer à reconnaître qu’ils avaient tort et lui raison. Le ton franc, sinon cassant, qu’il employa souvent n’arrangeant rien. Autre hypothèse parfois avancée : il y avait du vrai des deux côtés…