Pasteur quitta Pont-Gisquet le 26 juin 1867 pour recevoir son prix de l’Exposition universelle le 1er juillet, en présence de sa famille. Il fut vivement déçu de constater que plusieurs récipiendaires d’autres prix bénéficiaient d’un accueil enthousiaste du public, alors que lui-même était ignoré : à son grand regret, les contributions scientifiques ne jouissaient pas de la même reconnaissance populaire que les œuvres artistiques et architecturales.
Pasteur se trouva de nouveau confronté à une révolte des élèves de l’École normale. Sainte-Beuve en fut la cause involontaire. Fidèle soutien de l’empereur, ce qui d’ailleurs lui avait valu des problèmes avec les élèves de l’École normale lorsqu’il y enseignait, le célèbre critique avait été nommé sénateur en 1865. Très discret jusque-là, il prit la parole en mars 1867 pour défendre son ami Renan qu’un autre sénateur venait d’attaquer. Trois mois plus tard, le 21 juin, il s’opposa à une pétition d’habitants de Saint-Étienne contre la présence de certains ouvrages et auteurs dans les bibliothèques municipales. Sainte-Beuve intervint en faveur de la liberté de pensée et railla le sénateur conservateur Lacaze qui s’était élevé contre ses propos : il lui signala qu’il manquait encore à la liste le nom de Molière, lui signifiant ainsi que tous ceux qui s’offusquaient de la présence de telles œuvres dans les bibliothèques n’étaient rien de moins que de sinistres tartuffes. Il humilia encore le même sénateur en refusant de se battre en duel avec lui…