Les universités restaient des institutions d’Eglise. Certes, nous y reviendrons, certains des privilèges ecclésiastiques des universitaires furent réduits par les pouvoirs publics. Sans aucun doute, la proportion des laïcs parmi les maîtres et les étudiants augmenta, en particulier dans les universités italiennes et du midi de la France ; à Avignon, au xve siècle, plus de la moitié des régents en droit étaient des laïques. Surtout, de plus en plus nombreux étaient ceux qui, leurs études finies, faisaient des carrières tout à fait laïques ; on prête au pape Urbain V (1362-1370) cette remarque désabusée à propos d’étudiants entretenus aux frais du Saint-Siège : « Je conviens que tous ceux que je fais élever ne seront pas ecclésiastiques. Beaucoup se feront religieux ou séculiers, les autres resteront dans le monde et deviendront pères de familles. Eh bien ! quel que soit l’état qu’ils embrasseront, dussent-ils même exercer des professions à travaux manuels, il leur sera toujours utile d’avoir étudié ».
Mais, en droit, la papauté maintenait le monopole de l’Eglise en matière d’enseignement et de collation de la licence et une bulle pontificale était nécessaire pour la fondation de tout nouveau studium generale. Elle continuait, en effet, à attendre des universités non seulement qu’elles fournissent à l’Eglise un personnel de théologiens et de juristes compétents, mais qu’elles remplissent, en tant qu’institutions, un certain rôle dans la vie générale de la chrétienté.
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