Même si la méditation n’est pas un médicament, elle n’est pas dépourvue d’effets secondaires.
La première étape est de ne pas engager dans un programme de méditation les personnes pour qui il sera difficile, voire impossible, de méditer. Lorsque la dépression, ou toute autre pathologie psychiatrique, n’est pas traitée, lorsque la rémission n’est pas arrivée, il est déconseillé d’envisager le début d’un programme de pleine conscience. Souvent, ces questions nécessitent d’être discutées entre la personne concernée et un professionnel de santé. Dans une phase où les symptômes de dépression sont trop intenses, un programme qui consiste à retourner le projecteur vers soi-même et à explorer ses émotions serait assimilable à une torture. L’anxiété ou l’angoisse peuvent également, si elles ne sont pas traitées, empêcher le méditant de réaliser ses exercices. La notion d’événement traumatisant récent ou même passé doit aussi être abordée afin de mesurer comment les émotions négatives associées à ces antécédents pourront venir compliquer la pratique.
Par exemple, une participante de l’un des groupes  MBSR que j’anime a appris le décès de son père en cours de séance. Elle a interrompu son stage pour le reprendre plus tard, à une session suivante. Un autre patient, suivi en thérapie pour une anxiété sévère, a également dû interrompre le stage et a repris 6 mois plus tard.
Dans le même temps, de nombreux chercheurs trouvent des arguments sérieux justement favorables à la pratique méditative dans le traitement des syndromes posttraumatique…