Péguy n’admet pas de laisser inutilisée l’énergie dépensée dans le combat dreyfusard et décide de s’atteler à l’écriture de l’histoire du dreyfusisme, qu’il envisage, au-delà de l’Affaire elle-même, comme une étude approfondie de l’âme et de l’histoire françaises confrontées au défi démocratique.
A cette époque l’influence d’Henri Bergson sur Péguy est à son apogée. Il a découvert le professeur à l’Ecole normale supérieure et suit ses cours au Collège de France, sans jamais cesser de se passionner pour son œuvre. Julien Benda a écrit perfidement que la philosophie de Bergson était venue à point nommé dire à la société ce qu’elle voulait entendre. En vérité, c’est une pensée des plus lucides sur son temps. L’auteur de l’Essai sur les données immédiates de la conscience (1888) et de L’Evolution créatrice (1907) entendait libérer la société des méfaits de l’intellectualisme, du déterminisme scientifique, de la philosophie de Bouvard et Pécuchet. Les rapports entre l’homme et le monde réel, déclarait-il, sont plus complexes que ceux que prétend figer, en quelques vérités toutes faites, le rationalisme scientifique. En ce sens, les travaux d’Henri Poincaré, de Louis de Broglie, d’Albert Einstein vont bientôt ouvrir les nouvelles perspectives de la physique atomique.
Bergson refuse de s’incliner devant l’idée qui a longuement dominé le xixe siècle et inspiré les pères fondateurs de la IIIe République : celle que l’humanité nouvelle issue de la première révolution industrielle, transformée par la seconde, avance selon un progrès linéaire…