Résistance des virus herpes simplex aux antiviraux

Sonia Burrel; Dimitrios Topalis; David Boutolleau

doi:10.1684/vir.2020.0864

Virologie 2020/5 Vol. 24

Article de revue

Résistance des virus herpes simplex aux antiviraux

Pages 325 à 342

Citer cet article

Burrel, S.,
Topalis, D.
et Boutolleau, D.

(2020). Résistance des virus herpes simplex aux antiviraux. Virologie, . 24(5), 325-342. https://doi.org/10.1684/vir.2020.0864.

Burrel, Sonia.,
et al.

« Résistance des virus herpes simplex aux antiviraux ». Virologie, 2020/5 Vol. 24, 2020. p.325-342. CAIRN.INFO, stm.cairn.info/revue-virologie-2020-5-page-325?lang=fr.

BURREL, Sonia,
TOPALIS, Dimitrios
et BOUTOLLEAU, David,

2020. Résistance des virus herpes simplex aux antiviraux. Virologie, 2020/5 Vol. 24, p.325-342. DOI : 10.1684/vir.2020.0864. URL : https://stm.cairn.info/revue-virologie-2020-5-page-325?lang=fr.

https://doi.org/10.1684/vir.2020.0864

Introduction

1 Les infections par les virus herpes simplex 1 et 2 (HSV-1 et HSV-2) peuvent être à l’origine de manifestations cliniques qui peuvent varier considérablement en fonction de l’âge, du statut immunitaire, et selon que l’on a affaire à une primo-infection ou à une réactivation. Chez les individus immunocompétents, ces infections sont généralement peu symptomatiques et bien contrôlées, à l’exception toutefois de certaines manifestations cliniques qui peuvent montrer un degré de sévérité plus important, comme la kératite herpétique ou l’encéphalite herpétique. Chez les individus immunodéprimés, notamment ceux dont l’immunité cellulaire T est déficiente (patients greffés, infectés par le virus de l’immunodéficience humaine (HIV), traités par chimiothérapie anticancéreuse ou immunothérapie pour une maladie auto-immune, nouveau-nés…), les infections par les HSV peuvent se manifester par des formes cliniques plus sévères, des lésions extensives et/ou persistantes. Il est donc important de pouvoir disposer de molécules antivirales pour lutter contre ces différentes formes d’infection. Actuellement, l’arsenal thérapeutique pour le traitement des infections par les HSV est limité avec une seule classe de molécules : les inhibiteurs de l’ADN polymérase virale. L’aciclovir, molécule antivirale spécifique, efficace et quasiment atoxique, dont la découverte par Gertrude Elion et John Hitchings a été récompensée par le prix Nobel de médecine en 1988, reste encore à ce jour le représentant emblématique des antiherpétiques. Malheureusement, la problématique de l’émergence de résistance virologique à l’aciclovir et le peu d’alternatives thérapeutiques disponibles peuvent complexifier la prise en charge de certains patients. De nouveaux antiviraux sont donc indispensables pour lutter efficacement contre les infections par les HSV : la découverte récente des inhibiteurs du complexe viral hélicase-primase, efficaces et peu toxiques, semble prometteuse.

Mécanisme d’action des antiviraux

Antiviraux actuellement disponibles

2 Les antiviraux anti-HSV regroupent différentes classes de molécules : des analogues de nucléosides (aciclovir [ACV] et penciclovir [PCV]), un analogue de nucléoside phosphonate, ou nucléotide (cidofovir [CDV]) et un analogue de pyrophosphate (foscarnet [FOS]) (tableau 1 et figure 1) [1]. Les analogues de nucléosides, ACV et PCV, sont des analogues de la désoxyguanosine dont le sucre (désoxyribose) a été remplacé par une structure acyclique. Ils entrent en compétition avec le nucléoside naturel au niveau de l’ADN polymérase virale pour être incorporés dans l’ADN viral en cours de synthèse. Toutefois, leur incorporation ne permet pas la formation de la liaison phosphodiester avec le nucléotide suivant au cours de l’élongation : ils agissent comme des « terminateurs de chaîne ». Le CDV, quant à lui, est un analogue de la désoxycytidine monophosphate. Parmi les molécules disponibles en France pour le traitement des infections par les HSV, l’ACV et sa prodrogue orale le valaciclovir (VACV) sont les molécules de première intention. Il est également possible d’utiliser le famciclovir (FCV), prodrogue orale du PCV (figure 1A). En deuxième intention, le foscarnet (FOS), analogue du pyrophosphate, est classiquement utilisé pour traiter les infections herpétiques dues à une souche de HSV résistante à l’ACV (figure 1C). Le ganciclovir (GCV), autre analogue de la désoxyguanosine, est actif sur les HSV mais il n’est pas utilisé en pratique clinique, hormis dans certaines situations particulières. Cette molécule, utilisée classiquement pour le traitement des infections par le cytomégalovirus humain (CMV), possède des propriétés neutropéniantes. Ainsi, le GCV est utilisé pour le traitement des co-infections par HSV et CMV ou des infections oculaires par HSV où il peut être utilisé sous forme topique [1]. Le CDV et sa prodrogue le brincidofovir (BCV), également actifs sur les HSV, sont inscrites sur la liste des spécialités disponibles en autorisation temporaire d’utilisation (ATU) (figure 1B). D’autres molécules anti-HSV, non disponibles en France, sont commercialisées dans d’autres pays comme la brivudine (bromovinyldésoxyuridine, BVdU) et le PCV (figure 1) [2].

Tableau 1

Classe	Molécule	Abréviation	Modifications/dérivés	Métabolisations requises
Analogue de nucléoside	Aciclovir	ACV	Analogue de désoxyguanosine (dG)	Phosphorylation-(x 3)*
	Valaciclovir	VACV	Ester de valine d’ACV	Hydrolyse/Phosphorylation-(x 3)*
	Penciclovir	PCV	Analogue de désoxyguanosine (dG)	Phosphorylation (x 3)*
	Famciclovir	FCV	Diacétyl ester de 6-désoxy-PCV	Hydrolyse/Oxydation/Phosphorylation-(x3)*
	Brivudine	BVdU	Analogue de désoxythymidine (dT)	Phosphorylation-(x 3)*
Analogue de nucléotide	Cidofovir	CDV	Analogue de désoxycytidine monophosphate (dCMP)	Phosphorylation-(x 2)^♢
Analogue de pyrophosphate	Foscarnet	FOS	Analogue de pyrophosphate	Aucune

Molécules antivirales actives sur les virus herpes simplex.
* 3 étapes de phosphorylation sont nécessaires pour obtenir la forme active. ♢ 2 étapes de phosphorylation sont requises pour produire la forme active. Toutes les molécules sont actives vis-à-vis du HSV-1 et du HSV-2 sauf la BVdU qui est active uniquement vis-à-vis du HSV-1.

Figure 1

Description de l'image par IA : Chimie des antiviraux contre HSV-1 et HSV-2 : ACV, VACV, PCV, FCV, BVdU, CDV, FOS, et structures des protéines HSV-1.

L'image montre les structures chimiques de divers antiviraux utilisés pour traiter les infections par les virus herpes simplex 1 et 2 (HSV-1 et HSV-2). Elle est divisée en quatre sections principales. La section A présente les structures chimiques d'Aciclovir (ACV), Valaciclovir (VACV), Penciclovir (PCV) et Famciclovir (FCV). Ces molécules sont représentées avec leurs atomes et liaisons spécifiques. La section B montre les structures chimiques de Brivudine (BVDU) et Cidofovir (CDV). Ces molécules sont également détaillées avec leurs atomes et liaisons. La section C illustre la structure chimique de Foscarnet (FOS), une autre molécule antivirale. La section D contient des représentations 3D de la thymidine kinase (TK) du HSV-1 et de l'ADN polymérase du HSV-1. Ces modèles montrent les régions clés comme le domaine 3'-5' exonucléase et les doigts de la polymérase. L'image est conçue pour fournir une vue d'ensemble des structures chimiques des antiviraux utilisés contre les infections par le virus de l'herpès simplex.

Structure chimique des antiviraux utilisés contre les infections par les virus herpes simplex 1 et 2 (HSV-1 et HSV-2).
Les analogues nucléosidiques (panel A) qu’ils soient des analogues de désoxyguanosine (aciclovir [ACV], valaciclovir [VACV], penciclovir [PCV], famciclovir [FCV]) ou de désoxythymidine (brivudine [BVdU]) ou l’analogue nucléosidique phosphonate de type désoxycytidine monophosphate, dCMP (cidofovir [CDV] ; panel B) constituent avec l’analogue de pyrophosphate (foscarnet [FOS] ; panel C) l’ensemble des molécules anti-HSV disponibles.
Structures tridimensionnelles de la thymidine kinase (TK, code Protein Data Bank [pdb] : 2KI5), formant un complexe binaire avec l’ACV, et de l’ADN polymérase (code pdb : 2GV9) de HSV-1 qui sont les protéines clés de la stratégie antiherpétique (panel D). Dans la structure de l’ADN polymérase virale, les régions 3’-5’ exonucléase et les domaines « Fingers » sont mis en évidence en orange et bleu, respectivement. Ces deux domaines clés représentent les deux fonctions assurées par l’enzyme virale, à savoir l’activité de correction dite de « proofreading » et l’activité polymérase. Les images des structures tridimensionnelles ont été générées avec le software PyMol™.

3 L’intérêt des prodrogues (VACV, FCV et BCV) obtenues par estérification des molécules mères est de pouvoir être administrées par voie orale du fait de l’amélioration de leur biodisponibilité. L’ACV possède une biodisponibilité faible (15 % à 30 %) alors que celle du VACV, L-valyl ester de l’ACV, est d’environ 55 %. Le FCV correspond à la forme diacétyl ester du 6-désoxy-PCV et permet d’avoir une biodisponibilité d’environ 70 %. Il est à noter que le PCV, composé actif en intracellulaire, est 100 fois moins actif que l’ACV sur les HSV, mais cela est compensé par de fortes concentrations cellulaires et une demi-vie longue (7 h-20 h). Le FOS et le CDV sont, quant à eux, des molécules utilisables uniquement par voie intraveineuse. L’activité antivirale importante du CDV est soutenue par une longue demi-vie intracellulaire des métabolites actifs [3].

4 Tous ces antiviraux disponibles en pratique clinique ciblent l’ADN polymérase virale et perturbent la réplication du génome viral au cours du cycle de multiplication. La spécificité d’action des analogues de nucléosides (ACV, PCV, BVdU) est fondée sur la première étape de leur activation, à savoir une phosphorylation, qui est assurée par la thymidine kinase (TK) virale, codée par le gène UL23 (figure 1D ; forme tridimensionnelle de la TK du HSV-1), une enzyme exprimée pendant la phase précoce du cycle de multiplication virale [4]. Outre cette étape d’activation, ces molécules nécessitent plusieurs autres modifications métaboliques successives assurées par des enzymes cellulaires (tableau 1) [2-5]. Le CDV, analogue de nucléotide, constitue la seule exception parmi les analogues de substrats naturels puisqu’il ne nécessite pas d’activation par la TK virale : il est uniquement phosphorylé par des kinases cellulaires. Le FOS, quant à lui, est un inhibiteur direct de l’ADN polymérase virale, codée par le gène UL30 (figure 1D ; forme tridimensionnelle de l’ADN polymérase du HSV-1).

5 Les formes actives des analogues de nucléosides, c’est-à-dire leurs formes triphosphates (ex : ACV-TP, forme triphosphate de l’ACV), possèdent dans l’ensemble une meilleure affinité pour l’ADN polymérase virale que pour les ADN polymérases cellulaires [2, 6]. Outre le fait que ces composés antiherpétiques sont activés de manière spécifique dans les cellules infectées par les HSV, ils sont de plus incorporés de manière préférentielle dans l’ADN viral, ce qui tend à limiter leur toxicité au niveau cellulaire [7]. Le FOS et le CDV sont, quant à eux, néphrotoxiques. La néphrotoxicité du CDV est due au fait qu’il constitue un substrat de l’enzyme cellulaire hOAT1 (human organic anion transporter 1) localisée dans les cellules tubulaires rénales proximales. Il est à noter que le BCV, prodrogue du CDV, n’est pas reconnu par cette enzyme et est donc dénué d’effets indésirables au niveau rénal. [8-10].

TK virale : enzyme clé de l’activation des analogues nucléosidiques

6 La TK virale est codée par le gène UL23 (1131 paires de bases [pb]) dans le génome des HSV. Il s’agit d’une protéine de 376 acides aminés (environ 42 kilo Daltons [kDa]). Il existe au moins 80 % d’homologie nucléotidique entre la TK du HSV-1 et celle du HSV-2, et l’identité en acides aminés atteint environ 70 %. Cette enzyme est composée de deux domaines de liaison, un pour le donneur de phosphate à partir d’adénosine triphosphate (ATP) et un pour l’accepteur de phosphate (le nucléoside). Elle possède en outre une structure tridimensionnelle commune aux nucléosides kinases cellulaires, à savoir 7 feuillets β et 15 hélices α, et possède une zone centrale dite « core » protéique. Majoritairement sous forme de monomère, la TK peut aussi se présenter sous forme de dimère. Le domaine de dimérisation au niveau de la structure tridimensionnelle regroupe les résidus de plusieurs hélices α (H3, H4, H7 et H13) [5]. La mesure de l’activité enzymatique de la TK des HSV vis-à-vis des nucléosides naturels que sont la désoxyguanosine (dG) et la désoxythymidine (dT), et des analogues nucléosidiques comme l’ACV et la BVdU, a montré, dans une étude relativement ancienne, une spécificité de substrat plus large de l’enzyme virale par rapport à celle des TK cellulaires hTK1 et hTK2, h pour « human », présentes au niveau cytosolique et mitochondrial, respectivement (tableau 2) [5, 11-20]. Il n’existe pas de données plus récentes sur cette spécificité de substrat. Les hTK1 et hTK2 ne sont pas capables d’utiliser comme substrat accepteur de phosphate la dG ou son analogue l’ACV [21].

Tableau 2

	Activité enzymatique
	hTK1	hTK2	HSV-1 TK
dT	8 × 10⁶ M^-1.s^-1 [11, 12]	9 × 10⁵ M^-1.s^-1 [14]	1,2 × 10⁶ M^-1.s^-1 [13, 18]
dG	Non détectée [14]	Non détectée [14]	5 × 10⁴ M^-1.s^-1 [15]
ACV	Non détectée [5]	Non détectée [5]	36-300 M^-1.s^-1 [13, 16, 17]
BVdU	Non détectée [5]	2 × 10⁵ M^-1.s^-1 [14, 19, 20]	1,0 × 10⁶ M^-1.s^-1 [15, 19]

Activité enzymatique des thymidines kinases (TK) humaines hTK1 et hTK2 et virale HSV-1 TK vis-à-vis des molécules dT, dG, ACV et BVdU.
hTK1 est trouvée au niveau cytosolique alors que hTK2 est localisée au niveau mitochondrial. ACV : acyclovir. BVdU : brivudine. dG : désoxyguanosine. dT : désoxythymidine. Unité M^-1.s^-1où M représente la concentration molaire (moles/litre) et s le temps exprimé en seconde. Les références bibliographiques concernées sont notées dans le tableau : [5, 11-20].

Activation des analogues de désoxyguanosine

7 L’ACV et le PCV sont spécifiquement primophosphorylés par la TK virale (figure 2) [5, 22]. Les deux phosphorylations suivantes, permettant d’obtenir la forme active de ces deux antiviraux, sont assurées par la guanylate kinase (ou guanosine monophosphate kinase, GMPK) et la nucléoside diphosphate kinase A (NDPK-A) cellulaires. Les formes triphosphates actives, ACV-TP et PCV-TP, sont alors reconnues par l’ADN polymérase virale et incorporées dans l’ADN viral en cours de synthèse [2, 5]. Le VACV et le FCV, prodrogues de l’ACV et du PCV respectivement, sont hydrolysées par des estérases cellulaires pour libérer secondairement le principe actif. Dans le cas du FCV, une fois le produit 6-désoxy-PCV obtenu par hydrolyse via une estérase cellulaire, une étape d’oxydation effectuée par l’aldéhyde oxydase cellulaire permet d’obtenir le PCV [23, 24].

Figure 2

Description de l'image par IA : Tableau montrant les modes d'activation des analogues de nucléos(t)ides et de nucléotides pour l'ADN polymérase virale.

L'image montre les modes d'activation des analogues de nucléos(t)ides pour le traitement de l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). Elle est divisée en plusieurs sections, chacune représentant différents analogues de nucléosides et leurs processus d'activation. En haut à gauche, il y a deux analogues de nucléosides : VACV et FCV. Pour VACV, le processus commence par l'hydrolyse, suivie par l'activation par la TK virale, puis par l'action de la GMPK, et enfin par l'activation par la NDPK-A, aboutissant à ACV-TP. Pour FCV, le processus inclut deux étapes : l'hydrolyse et l'oxydation, suivies par l'activation par la TK virale, l'action de la GMPK, et enfin par l'activation par la NDPK-A, aboutissant à PCV-TP. En dessous, il y a un autre analogue de nucléoside : BVdU. Le processus commence par l'activation par la TK virale, suivie par l'action de la GMPK, et enfin par l'activation par la NDPK-A, aboutissant à BVdU-TP. Dans la section suivante, il y a un analogue de nucléotide : CDV. Le processus commence par l'action de la CMPKL, suivi par l'activation par la NDRK-A, aboutissant à CDV-DP. Enfin, dans la section en bas à droite, il y a un analogue de pyrophosphate : FOS, qui est lié au traitement de l'adénine déshydrogénase virale (ADN polymérase virale). L'image inclut également des schémas moléculaires représentant les structures des molécules impliquées dans ces processus.

Modes d’activation des analogues de nucléos(t)ides.
ACV : aciclovir. BVdU : brivudine. CDV : cidofovir. CMPK1 : cytidine monophosphate kinase 1. GMPK : guanylate kinase. FCV : famciclovir. FOS : foscarnet. NDPK-A : nucléoside diphosphate kinase A. PCV : penciclovir. TK : thymidine kinase. VACV : valaciclovir. -MP/-DP/-TP : forme mono/di/tri-phosphate.

Activation de la BVdU

8 La BVdU est un analogue de la désoxythymidine comportant une fonction bromovinyl à la place d’un groupement méthyl en position C5 de la base pyrimidique (figure 1B) [5]. Les deux premières étapes de phosphorylation sont assurées par la TK virale (seule la TK du HSV-1 est concernée) car la TMPK cellulaire ne permet pas de phosphoryler la BVdU-MP en BVdU-DP (figure 2). La capacité de la TK du HSV-1 à produire la forme diphosphate peut s’expliquer par un site actif plus volumineux qui permet de phosphoryler la désoxythymidine monophosphate (dTMP) en désoxythymidine diphosphate (dTDP), mais aussi la BVdU-MP en BVdU-DP.

Activation du CDV

9 Initialement mis sur le marché pour le traitement des rétinites associées au CMV chez les patients au stade sida de l’infection par le HIV, le CDV s’est révélé être également actif contre les infections par les HSV. Il présente un spectre d’action antivirale large étendu à d’autres virus à ADN bicaténaire tels que les poxvirus, les adénovirus, les polyomavirus et les papillomavirus humains [25]. Étant un analogue de nucléoside phosphonate, le CDV permet de contourner la phosphorylation par les nucléosides kinases virales, considérée comme l’étape limitante de l’activation des analogues de nucléoside. Les deux phosphorylations nécessaires à l’activation du CDV en CDV-DP (finalement la forme diphosphate active puisque le CDV a un groupe phosphonate et doit être phosphorylé deux fois pour être actif) sont assurées par la cytidine monophosphate kinase 1 (CMPK1) et la NDPK-A cellulaires (figure 2) [3]. Il est incorporé par l’ADN polymérase virale en lieu et place de la désoxycytidine triphosphate (dCTP). Un métabolite intracellulaire du CDV, la CDV-phosphocholine, obtenue via l’enzyme cellulaire choline-phosphate cytidyltransférase, permet d’augmenter sa demi-vie.

ADN polymérase virale : enzyme clé de la réplication du génome viral

10 Il existe un groupe de protéines virales essentielles pour la réplication de l’ADN des HSV : la protéine UL9 qui assure la liaison aux origines de réplication (séquences ori), la protéine UL29 (ou ICP8) qui permet la liaison à l’ADN monocaténaire au niveau de la fourche initiale de réplication, le complexe polymérasique (UL30/UL42) et le complexe hélicase/primase (UL5/UL52) associé à sa protéine accessoire (UL8) (figure 3). L’initiation de la réplication est ordonnée, puisque dans un premier temps, UL9, UL29 puis l’hétérotrimère UL5/UL52/UL8 se fixent au niveau de la fourche de réplication. Le complexe polymérasique est ensuite recruté et la réplication du génome viral peut alors débuter [26, 27]. Le complexe polymérasique, indispensable à la réplication de l’ADN viral, existe sous forme d’un hétérodimère associant les sous-unités UL30 et UL42. L’ADN polymérase virale possède une activité 3’-5’ exonucléasique permettant de corriger les mésappariements et de réparer l’ADN. La plupart des ADN polymérases nécessitent un facteur de processivité qui leur permet de renforcer leur association à l’ADN. Ainsi, la protéine UL42 interagit avec la partie C-terminale de la protéine UL30 créant une association enzyme/matrice ADN plus stable. Contrairement à d’autres facteurs de processivité, la protéine UL42 sous forme monomérique possède la capacité de lier directement l’ADN avec une forte affinité. La structure tridimensionnelle de cette protéine associée à l’ADN polymérase du HSV-1 a été déterminée (code Protein Data Bank [pdb] : 1DML) [28, 29]. L’ADN polymérase virale (UL30) des HSV est une protéine de 1235 acides aminés (soit 3705 pb) et 1240 acides aminés (soit 3720 pb) pour HSV-1 et HSV-2, respectivement. La comparaison entre des séquences de polymérases d’eucaryotes et d’herpèsvirus a permis de mettre en évidence 9 domaines catalytiques conservés : les domaines I à III et V à VII ainsi que les domaines exonucléasiques I (Exo-I), Exo-II (aussi appelé domaine IV) et Exo-III, situé dans le domaine δ-C permettant la vérification du brin nouvellement synthétisé [30-32]. Seule la structure tridimensionnelle de l’ADN polymérase du HSV-1 a été résolue à ce jour (code pdb : 2GV9 ; figure 1D) [33].

Figure 3

Description de l'image par IA : Illustration de la boucle de réplication du génome des HSV avec les complexes polymérasique et hélicase-primase.

L'image montre la boucle de réplication du génome des HSV (Herpès Simplex Virus). Elle met en évidence les complexes polymérasiques et hélicase-primase impliqués dans ce processus. Le complexe polymérasique est composé des protéines ADN polymérase (UL30) et du facteur de processeivité (UL42). Ce complexe est représenté en haut de l'image, avec les protéines étiquetées 30 et 42. Le complexe hélicase-primase, situé en bas de l'image, comprend les protéines UL5, UL52 et UL8. Ce complexe est représenté avec les protéines étiquetées 5, 52 et 8. La protéine ICP8 (UL29) est également montrée en interaction avec le complexe hélicase-primase. La boucle de réplication du génome est représentée par une structure en boucle avec des brins d'ADN s'étendant des deux côtés. Les flèches indiquent le sens de la réplication de l'ADN. Le complexe polymérasique et l'hélicase-primase travaillent ensemble pour faciliter la réplication de l'ADN viral.

Boucle de réplication du génome des HSV impliquant les complexes polymérasique (UL30/UL42) et hélicase-primase (UL5/UL52/UL8).
Les protéines virales essentielles pour la formation de la boucle de réplication du génome viral à proprement parlé sont : la protéine UL29 (ou ICP8) qui permet la liaison à l’ADN monocaténaire au niveau de la fourche initiale de réplication, le complexe polymérasique (UL30/UL42) et le complexe hélicase/primase associé à sa protéine accessoire (UL5/UL52 et UL8). L’initiation de la réplication est ordonnée, puisque dans un premier temps, UL9 (protéine de liaison aux séquences ori du génome viral pour initier la réplication), UL29 (ICP8) puis l’hétérotrimère UL5/UL52/UL8 se fixent au niveau de la fourche de réplication. Le complexe polymérasique est ensuite recruté et la réplication du génome viral peut alors débuter (figure adaptée de [26]).

Mécanisme d’action moléculaire des antiherpétiques

11 Malgré leur appartenance à la même classe de molécules (analogues nucléosidiques), les formes triphosphates de l’ACV et du PCV (ACV-TP et PCV-TP) ont des mécanismes d’action distincts. L’ACV-TP agit comme un terminateur de chaîne per se, alors que le PCV-TP inhibe l’élongation de la chaîne d’ADN viral après l’ajout d’un nucléotide (Nt) supplémentaire Nt+1 (figure 4). On peut noter que ces deux molécules entrent en compétition avec la désoxyguanosine triphosphate (dGTP). Le mécanisme d’action de la BVdU-TP (analogue de la désoxythymidine triphosphate) est différent de ceux des analogues de la désoxyguanosine. La BVdU-TP entre en compétition avec la désoxythymidine triphosphate (dTTP) et son incorporation induit la synthèse de molécules d’ADN viral dont la structure est altérée et qui ne pourront pas être utilisées comme modèles pour la synthèse de nouveaux brins d’ADN viral, inhibant ainsi la réplication du génome viral (figure 4) [25, 34]. Le CDV-PP présente deux mécanismes d’action distincts, selon le nombre de molécules incorporées dans l’ADN viral en cours de synthèse : l’incorporation d’une seule molécule de CDV-PP altère la structure de l’ADN et ralentit la vitesse d’élongation, alors que l’incorporation de deux molécules successives de CDV-PP entraîne l’arrêt de la synthèse d’ADN (figure 4). Au moment de l’incorporation de la forme triphosphate des nucléosides, la formation de la liaison phosphodiester génère la libération d’un groupement diphosphate lié à l’ADN viral (pyrophosphate). Le FOS (analogue du pyrophosphate) est un inhibiteur direct de l’ADN polymérase virale par interaction avec les résidus de l’enzyme qui reconnaissent les phosphates β et γ du désoxynucléotide triphosphate (dNTP) entrant. Une fois le nucléotide incorporé, il ne reste que le phosphate α et les phosphates β et γ sont libérés.

Figure 4

Description de l'image par IA : Illustration des modes d'action des analogues de nucléos(t)ides sur l'ADN viral.

L'image montre quatre schémas représentant les modes d'action des analogues de nucléos(t)ides sur différents virus. Chaque schéma est divisé en deux parties : une partie graphique à gauche et une partie descriptive à droite. 1. **ACV (Aciclovir)** : - **Graphique** : Il montre une chaîne de nucléotides avec une terminaison de chaîne. - **Description** : - En compétition avec la dGTP. - Incorpore dans l'ADN viral. - Termine la chaîne. 2. **PCV (Penciclovir)** : - **Graphique** : Il montre une chaîne de nucléotides avec une terminaison de chaîne. - **Description** : - En compétition avec la dGTP. - Incorpore dans l'ADN viral. - Arrêt de l'élongation après Nt+1. 3. **BVdU (Bromure de bromodésoxyuridine)** : - **Graphique** : Il montre une chaîne de nucléotides avec une terminaison de chaîne. - **Description** : - En compétition avec la dTTP. - Incorpore dans l'ADN viral. - Pas d'arrêt de l'élongation de l'ADN viral. - Altère la structure de l'ADN viral. 4. **CDV (Cidofovir)** : - **Graphique** : Il montre deux chaînes de nucléotides avec des terminaisons de chaîne. - **Description** : - En compétition avec la dCTP. - Incorpore dans l'ADN viral. - Un incorporation retarde la vitesse d'élongation de l'ADN. - Deux incorporations successives stoppent l'élongation de l'ADN. Chaque schéma illustre comment les analogues de nucléos(t)ides interagissent avec le processus de réplication de l'ADN viral, affectant soit la compétition avec les nucléotides naturels, soit l'incorporation dans l'ADN viral, soit l'élongation de la chaîne.

Modes d’action des analogues de nucléos(t)ides.
Une fois activés, ces analogues sont incorporés par l’ADN polymérase (ADNpol) dans l’ADN viral en élongation. Ils entrent en compétition avec les désoxyribonucléosides triphosphates (dCTP, dGTP et dTTP) naturels et, en fonction de la nature de leurs modifications physicochimiques, leurs effets sur l’élongation de l’ADN viral peuvent varier de la terminaison de chaîne à la diminution de la vitesse d’élongation, ainsi qu’à la production de génomes viraux impropres à la réplication du génome viral.
ACV : aciclovir. BVdU : brivudine. CDV : cidofovir. FOS : foscarnet. Nt : nucléotide. PCV : penciclovir. -DP/-TP : forme di/triphosphate.

12 Différentes études ont montré que l’affinité des formes triphosphates de l’ACV, du PCV, de la BVdU, ainsi que du CDV-PP et du FOS est supérieure pour les ADN polymérases des HSV que pour les ADN polymérases cellulaires [2, 6, 34-40]. L’ACV-TP présente une constante d’inhibition 50 % (K_I) de 3 nM pour les ADN polymérases des HSV et de 180 nM pour l’ADN polymérase cellulaire α [36]. De même, la BVdU-TP montre des affinités 10 et 50 fois supérieures pour l’ADN polymérase du HSV-1 et du HSV-2, respectivement, que pour l’ADN polymérase cellulaire α [37, 39]. La K_I du PCV-TP est évaluée à environ 3 μM pour l’ADN polymérase des HSV, alors qu’elle est d’environ 175 μM pour l’ADN polymérase cellulaire α [40]. Quant au CDV-PP, il permet d’inhiber les ADN polymérases du HSV-1 et du HSV-2 avec des K_I de 0,9 μM et 1,4 μM, respectivement. La K_I du CDV-PP mesurée avec l’enzyme humaine est de 51 μM [38].

Résistance des HSV aux antiviraux

Prévalence et facteurs de risques

13 En pratique médicale, il convient de traiter les formes cliniques graves d’infection herpétique en urgence par ACV administré par voie intraveineuse (IV), puis éventuellement d’instaurer un traitement de relais per os par VACV. Pour les formes moins sévères ou les traitements au long cours, il est possible de mettre en place un traitement antiviral par voie orale par VACV. Devant des lésions herpétiques persistantes et/ou une absence de régression de la charge virale alors qu’un traitement antiviral est correctement suivi depuis au moins 10 jours, la résistance clinique est évoquée [1]. Différents facteurs peuvent être responsables de l’inefficacité d’un traitement antiviral :

Origine pharmacologique : mauvaise observance du traitement par le patient, dose insuffisante d’antiviral, catabolisme augmenté, faible concentration de l’antiviral au site de l’infection ou mauvaise diffusion de l’antiviral (liquide cérébrospinal, humeur aqueuse…).
Origine immunologique : patient avec une immunodépression cellulaire T sévère (patients greffés, infectés par le HIV…).
Origine virologique : présence de mutations de résistance au niveau des gènes viraux qui codent les enzymes cibles des antiviraux antiherpétiques, c’est-à-dire les gènes UL23 (TK) et UL30 (ADN polymérase).

14 Chez les individus immunocompétents, la prévalence de souches de HSV résistantes aux antiviraux, en l’occurrence l’ACV, est très faible, inférieure à 1 %. Une seule exception : les individus immunocompétents souffrant de kératites herpétiques récurrentes présentent un taux de résistance plus élevé pouvant atteindre 7 % [1]. La prévalence varie de 2,5 % à 11 % chez les individus immunodéprimés (individus infectés par le HIV, greffés d’organes solides et de cellules souches hématopoïétiques). Le FOS et le CDV, alternatives thérapeutiques à l’ACV/VACV, sont également concernés mais la description de cas de résistance est beaucoup plus rare. Les facteurs favorisant la sélection et l’apparition de mutants viraux résistants sont le degré d’immunosuppression, l’utilisation prolongée de traitements prophylactiques ou curatifs anti-HSV et la présence de lésions extensives et persistantes associées à une production virale intense [1].

Mécanismes moléculaires

15 Dans 95 % des cas, ce sont des modifications dans le gène de la TK des HSV qui confèrent la résistance à l’ACV. Les mutations observées dans l’ADN polymérase sont, quant à elles, plus rares, mais sont impliquées dans la résistance au FOS, au CDV ou des résistances croisées à plusieurs antiviraux. Les modifications de la TK responsables de la résistance à l’ACV sont de deux natures. Elles consistent ; i) soit en une insertion ou délétion nucléotidique au niveau de répétitions de séquences homopolymériques de guanine (G), cytosine (C), voire adénine (A) du gène UL23, dues au dérapage de l’ADN polymérase lors de la réplication de l’ADN viral, conduisant à un décalage du cadre de lecture (frameshift) pouvant parfois induire in fine l’apparition d’un codon stop prématuré ; ii) soit en des substitutions nucléotidiques induisant un changement d’acide aminé. En ce qui concerne l’ADN polymérase virale (UL30), les cas de résistance décrits sont quasi-exclusivement le fait de changements d’acides aminés. La grande majorité des virus résistants présente des variations génétiques dans la TK virale, plus rarement au niveau de l’ADN polymérase [1, 2, 41-43].

16 Que ce soit dans la TK ou l’ADN polymérase, il existe des changements d’acides aminés qui sont sans conséquence sur la sensibilité des HSV aux antiviraux : les polymorphismes naturels. Ils sont le reflet de la diversité génétique et, contrairement aux mutations de résistance, ils sont préférentiellement situés en dehors des sites catalytiques et conservés parmi les enzymes concernées.

Mutations identifiées dans la TK

17 Les changements dans la TK se traduisent par trois phénotypes distincts qui caractérisent les virus exprimant des TK mutantes : TK-altérée, TK-négative et TK-déficiente. Le phénotype TK-altérée se traduit par le changement d’acides aminés qui modifient la spécificité de substrat de l’enzyme, favorisant souvent la phosphorylation de la dT mais perdant la capacité à phosphoryler l’ACV. Les phénotypes TK-négative et TK-déficiente résultent d’une substitution ou d’une insertion/délétion nucléotidique dans le gène de la TK qui conduit à l’expression d’une protéine virale tronquée ou ayant une activité enzymatique diminuée [5].

18 La figure 5 représente le diagramme de la TK des HSV et la position des changements d’acides aminés connus associés à la résistance aux analogues de nucléosides. Les mutations identifiées dans le gène TK des HSV conduisant au phénotype TK-déficiente sont majoritaires par rapport aux changements d’acides aminés conduisant aux phénotypes TK-négative et TK-altérée. Environ 50 % des mutations sont localisées dans le « core » de la protéine (les segments de protéine entre les sites actifs mais aussi avant et après, lorsqu’ils sont repliés forment le « core » de la protéine), alors que les changements d’acides aminés identifiés dans les deux sites de liaison aux substrats donneur et accepteur de phosphate (site de liaison à l’ATP et site de liaison au nucléoside) représentent environ 40 % de la totalité des mutations connues (figure 6).

Figure 5

Description de l'image par IA : Tableau comparatif des mutations de la thymidine kinase des HSV-1 et HSV-2 avec positions des mutations.

L'image montre des diagrammes des kinases de thymidine des virus de l'herpès simplex de type 1 (HSV-1) et de type 2 (HSV-2), ainsi que les positions des changements d'acides aminés associés à la résistance aux antiherpétiques. Les segments de la protéine sont étiquetés avec des numéros d'acides aminés spécifiques pour HSV-1 et HSV-2. Les changements d'acides aminés sont listés dans des cases sous chaque segment de la protéine. Les changements sont codés par couleur, avec des variations spécifiques indiquées par des abréviations et des codes à trois lettres. La partie supérieure de l'image montre les segments de la protéine HSV-1 et HSV-2 avec leurs numéros d'acides aminés respectifs. La partie inférieure de l'image fournit des détails supplémentaires sur les changements d'acides aminés spécifiques pour les variants UL23 de HSV-1 et HSV-2. Les changements d'acides aminés sont répertoriés avec des abréviations et des codes à trois lettres pour une identification claire.

Diagrammes de la thymidine kinase des HSV-1 et HSV-2 et position des changements d’acides aminés associés à la résistance aux antiherpétiques.
Les changements d’acides aminés notés en bleu sont associés au phénotype « TK-négative ». Les régions conservées parmi les herpèsvirus sont définis par des boîtes blanches (site de liaison à l’ATP [adénosine triphosphate], site de liaison au nucléoside et autres domaines conservés). Les substitutions d’acides aminés localisées dans les deux sites de liaison aux nucléosides/nucléotides sont minoritaires par rapport à celles présentes dans le « core » de la TK virale, formé par des segments protéiques en amont et en aval des deux sites de liaison.

Figure 6

Description de l'image par IA : Graphiques montrant la distribution des mutations dans les domaines fonctionnels de la TK et de l'ADN polymérase des HSV-1 et HSV-2.

L'image montre deux graphiques à barres représentant la distribution des mutations d'acides aminés dans les domaines fonctionnels de la TK (Thymidine Kinase) et de l'ADN polymérase des virus HSV-1 et HSV-2. Le premier graphique (A. TK) est divisé en deux sections pour HSV-1 et HSV-2. Pour HSV-1, les mutations sont réparties comme suit : - Dimérisation : 8,7 % - Nucléoside : 16,4 % - ATP : 19,5 % - Noyau protéique : 55,4 % Pour HSV-2, les mutations sont réparties comme suit : - Dimérisation : 16,1 % - Nucléoside : 25,8 % - ATP : 16,1 % - Noyau protéique : 42,0 % Le deuxième graphique (B. ADN polymérase) est également divisé en deux sections pour HSV-1 et HSV-2. Pour HSV-1, les mutations sont réparties comme suit : - Pouce : 21,5 % - Doigts : 25,0 % - Paume : 25,0 % - 3'-5' exonucléase : 27,5 % - N-terminal : 1,3 % Pour HSV-2, les mutations sont réparties comme suit : - Pouce : 2,5 % - Doigts : 22,5 % - Paume : 47,5 % - 3'-5' exonucléase : 22,5 % - N-terminal : 5,0 % Les pourcentages indiquent la proportion de mutations dans chaque domaine fonctionnel des protéines TK et ADN polymérase des virus HSV-1 et HSV-2.

Distribution des changements d’acides aminés identifiés dans les domaines fonctionnels de la TK et de l’ADN polymérase du HSV-1 et du HSV-2. (Figure adaptée de [2, 4].)

19 En cas de résistance, les insertions/délétions dans les répétitions d’homopolymères, conduisant à un décalage du cadre de lecture (frameshift), sont plus fréquemment identifiées (60 % à 80 %) que les mutations ponctuelles (20 % à 40 %) [42, 43]. Ces modifications, produisant des protéines virales tronquées et inactives (TK-négative), se produisent au niveau des séquences génétiques ayant un enchaînement de C (n = 15), de G (n = 9) ou de A (n = 5) comme indiquées dans le tableau 3.

Tableau 3

	HSV-1	HSV-2
Insertions	Nts133-136 Nts180-183 Nts184-187 Nts430-436 Nts455-458 Nts460-464 Nts548-553 Nts615-619 Nts666-669 Nts878-880 Nts896-900	AAAA GGGG AAAA GGGGGGG CCCC CCCCC CCCCCC GGGGG CCCC GGG CCCCC	Nts215-217 Nts219-222 Nts246-249 Nts279-280 Ins428 Nts433-439 Nts463-467 Nts482-485 Nts519-521 Nts551-556 Nts586-590 Ins626-627 Nts779-782 Nts792-796 Nts809-812 Nts816-819	CCC GGGG CCCC GGGGG G GGGGGGG CCCCC TTTT CCC CCCCCC CCCCC TT GGGG GGGGG CCCC CCCC
Délétions	Del227 Del880 Del884 Del1061-1064 Del1065	A G G CCCCC A	Del227 Del306	A C

Insertions et délétions nucléotidiques répertoriées dans le gène de la thymidine kinase (TK) des virus herpes simplex 1 et 2 (HSV-1 et HSV-2) conduisant à un décalage du cadre de lecture (frameshift) et conférant une résistance à l’aciclovir (ACV).
Del : délétion ; Ins : insertion ; Nts : nucléotides.

20 Différentes études moléculaires ont permis de caractériser certaines substitutions associées au phénotype TK-déficiente au moyen d’enzymes purifiées ou recombinantes obtenue par mutagenèse dirigée, montrant une diminution de l’activité de phosphorylation de la dT, de l’ACV ou bien du PCV [4, 44, 45].

21 Quelques exemples de la littérature permettent d’illustrer la notion de TK-altérée. Les substitutions A168T (HSV-1), R177W et R223H (HSV-2), sont des variations conduisant au phénotype TK-altérée [46-51]. Andrei et al. [48] ont montré que la mutation A168T a été sélectionnée sous BVdU. Les tests de sensibilité aux antiviraux ont démontré que les clones générés restaient sensibles à l’ACV, au GCV et au PCV alors qu’ils étaient résistants à la BVdU. Des études de relation structure/fonction ont montré que l’alanine en position 168 est proche structurellement de la thymidine avec son groupement méthyl. Si on remplace l’alanine par un acide aminé dont la chaîne latérale est plus volumineuse que celle de l’alanine, on crée un encombrement stérique qui empêche la fixation des analogues de la thymidine (tels que la BVdU) mais pas de l’ACV. C’est ce qui est observé dans le cas de la mutation A168T de la TK du HSV-1 [46]. La position homologue chez le HSV-2 pour le résidu 168 du HSV-1 est le résidu 169. À cette position de la TK du HSV-2, on retrouve une sérine (un acide aminé à chaîne latérale équivalente de la thréonine) ce qui empêche la phosphorylation de la BVdU expliquant que le HSV-2 y soit naturellement résistant. Kit et al. ont montré que la substitution R223H dans la TK du HSV-2 ne permettait pas de phosphoryler l’ACV (phénotype résistant), contrairement à la dT qui pouvait être métabolisée par l’enzyme mutante [49]. De même, Kost et al. ont isolé une souche résistante à l’ACV et exprimant une TK mutante (R177W HSV-2 TK) [50].

Mutations identifiées dans l’ADN polymérase

22 L’émergence de mutations dans le gène codant l’ADN polymérase des HSV est la deuxième voie associée à l’apparition de souches résistantes aux antiviraux. Ces mutations affectent la fonction polymérasique de l’enzyme et entraînent une diminution de l’incorporation de l’ACV-TP dans l’ADN viral. La figure 7 regroupe les changements d’acide aminé associés à la résistance identifiés jusqu’à présent pour les HSV-1 et HSV-2, qu’ils aient été décrits dans des isolats cliniques ou identifiés in vitro. On peut noter qu’une position peut être associée à différents changements d’acides aminés, tel que S724 et N815 chez HSV-1. Près des trois quarts des mutations identifiées dans l’ADN polymérase affectent la fonction polymérasique de l’enzyme, qui regroupe les domaines « Palm » (paume), « Fingers » (doigts) et « Thumb » (pouce), alors que celles apparaissant dans le domaine 3’-5’ exonucléase ne représentent qu’environ 25 % de la totalité des mutations (figure 6) [2]. Certaines mutations sont associées à un profil de résistance différent, notamment de résistance croisée à l’ACV et au FOS, voire au CDV. Les changements d’acides aminés aux positions D780, W781, L782, M784, V813 et N815 ont été décrits comme conférant une résistance au FOS. Nous pouvons aussi citer S724N, T821M, I922N, Y941H et R959H [52-58]. D’autres substitutions identifiées dans l’ADN polymérase du HSV-1 telles que V573M, R700M et K960R, ainsi que W998L, L1007M et I1028T, confèrent une résistance au CDV [52, 53].

Figure 7

Description de l'image par IA : Diagramme des polymérases ADN de HSV-1 et HSV-2 avec mutations résistantes aux antiherpétiques.

L'image montre un diagramme des polymérases ADN des virus de l'herpès simplex de type 1 (HSV-1) et de type 2 (HSV-2). Les segments de la polymérase sont étiquetés de I à VIII pour HSV-1 et de I à VII pour HSV-2. Chaque segment contient des numéros d'acides aminés spécifiques. Sous chaque segment, des mutations d'acides aminés associées à la résistance aux antiherpétiques sont listées pour HSV-1 UL30 et HSV-2 UL30. Les mutations sont indiquées par des codes à trois lettres et des numéros, montrant les changements spécifiques dans les acides aminés à ces positions. Les mutations sont également listées pour HSV-1 et HSV-2, avec des numéros d'acides aminés correspondants. L'image est conçue pour illustrer les positions des mutations dans les polymérases ADN et leur relation avec la résistance aux traitements antiherpétiques.

Diagrammes de l’ADN polymérase des HSV-1 et HSV-2 et position des changements d’acides aminés associés à la résistance aux antiherpétiques.
Les régions conservées de l’ADN polymérase au sein des herpèsvirus (I – VII et A) sont représentées par des boîtes blanches. La position de chaque boîte au sein de la chaîne polypeptidique est indiquée par des chiffres en italique.

Impact des mutations de résistance sur l’activité de l’ADN polymérase

23 Le mécanisme de résistance à l’ACV a été étudié au niveau enzymologique par le groupe de Donald Coen, par la mesure de la cinétique d’incorporation de l’ACV-TP par des ADN polymérases recombinantes du HSV-1 [59]. Les substitutions E597K, R700G et R842S affectent l’affinité pour l’ACV-TP, modifiant le K_M (constante de Michaelis-Menten ; correspondant à la concentration en substrat pour laquelle 50 % de la vitesse maximale de l’enzyme est atteinte) de 0,81 μM (ADN polymérase sauvage, souche KOS [HSV-1]) à 3,1-5,1 μM. Cela permet d’atteindre un facteur de résistance (ratio CE_{50_mutant}/CE_{50_sauvage}) compris entre 2 et 20. Un autre mécanisme conférant la résistance à l’ACV est de limiter la vitesse d’incorporation de l’ACV-TP. Les mutations R605V et F891C modifient la constante catalytique (k_cat) de l’ADN polymérase sans pour autant affecter l’affinité de l’enzyme pour l’ACV-TP. La vitesse d’incorporation diminue de 37 molécules par minute à 1,8 et 0,61 molécules par minute, respectivement pour les mutations R605V et F891C, alors que l’affinité K_Mest proche de celle mesurée avec l’enzyme sauvage (1,1-1,3 μM versus 0,81 μM). Enfin, certaines mutations peuvent modifier à la fois l’affinité pour la molécule et la vitesse d’incorporation dans l’ADN viral. C’est le cas de S724N, Y941H et N961K, qui permettent d’atteindre un facteur de résistance de l’ordre de 4 à 8, essentiellement du fait d’un changement de l’affinité apparente pour l’ACV-TP d’un facteur 3 à 6 et de la vitesse d’incorporation d’un facteur 3,7 à 3,9. Comme cité plus haut, la résistance du HSV-1 au FOS est majoritairement observée pour les mutations localisées dans le domaine « Fingers » (D780N, W781V, L782I, M784T, V813M/A et N815L/V/Y/E/S/Q/T). R785 et K811 sont deux résidus de l’ADN polymérase du HSV-1 essentiels pour l’interaction avec le FOS. Aucune variation de ces deux positions n’a été décrite jusqu’à ce jour, probablement du fait de leur importance dans l’interaction avec le dNTP entrant [2]. En effet, l’apparition de mutations en position R785 et/ou K811 génèrerait une ADN polymérase incapable de répliquer l’ADN viral et, de ce fait, de produire des virions infectieux. Les mutations observées dans les souches de HSV-1 résistantes au FOS sont situées au niveau des positions entourant R785 et K811, et n’affectent pas de manière drastique l’incorporation de nucléosides naturels. De manière générale, les effets des mutations de résistance aux antiviraux dans l’ADN polymérase virale sont assez hétérogènes et peuvent modifier de façon drastique le fonctionnement de l’enzyme (vitesse d’incorporation de la forme triphosphate), l’affinité pour la molécule antivirale, voire les deux paramètres.

Diagnostic de la résistance des HSV aux antiviraux

24 La détection de la résistance des HSV aux antiviraux est effectuée soit selon une approche phénotypique (réalisation d’un antivirogramme qui consiste en la mesure de la concentration de l’antiviral inhibant 50 % de la multiplication virale [CE₅₀, concentration efficace 50 %] de la souche virale à tester) qui requiert d’isoler la souche virale en culture de cellules, soit selon une approche génotypique (séquençage des gènes codant les enzymes virales cibles des antiviraux). L’approche génotypique permet de s’affranchir de l’isolement viral en culture de cellules qui peut être délicat, voire impossible pour certains types de prélèvements (liquides cérébrospinaux, prélèvements oculaires…), puisqu’il est possible de l’effectuer directement à partir des prélèvements biologiques. Le rendu de résultat en moins d’une semaine offre également la possibilité aux cliniciens de pouvoir adapter rapidement le traitement antiviral pour un patient en échec thérapeutique et chez qui une résistance à un antiviral est mise en évidence [1, 42].

Tests phénotypiques

25 Ces tests permettent d’évaluer in vitro la sensibilité des virus aux antiviraux en mesurant l’inhibition de la multiplication virale en présence des antiviraux. La souche virale, préalablement isolée en culture cellulaire et titrée, est mise en contact avec des cellules sensibles en présence de concentrations croissantes de l’antiviral à évaluer. Après un temps d’incubation variable selon les techniques, il existe différentes possibilités pour mesurer la multiplication virale et ainsi déterminer la CE₅₀ : lecture de l’effet cytopathique (ECP), coloration (colorant vital), détection des antigènes (immunofluorescence ou ELISA) ou quantification du génome viral par PCR (qPCR) [60-67]. La CE₅₀est le plus souvent calculée à l’aide d’une courbe effet-dose (figure 8). Les tests phénotypiques se heurtent en pratique à plusieurs écueils. Hormis la difficulté de disposer d’un isolat viral (culture impossible ou capacités réplicatives altérées du virus du fait de mutations, notamment situées dans l’ADN polymérase), ces techniques ne sont plus utilisées en pratique diagnostique classique. Il s’agit souvent de techniques que seuls certains centres spécialisés réalisent encore.

Figure 8

Description de l'image par IA : Courbes effet-dose montrant la production virale et la viabilité cellulaire en fonction de la concentration d'antiviral.

L'image montre deux courbes dose-effet pour un antiviral. L'axe des abscisses représente la concentration de l'antiviral. L'axe des ordonnées de gauche (axe vertical rouge) indique le pourcentage de production virale (% du temps sans antiviral), tandis que l'axe des ordonnées de droite (axe vertical bleu) indique le pourcentage de viabilité cellulaire (%). La courbe rouge montre la diminution de la production virale avec l'augmentation de la concentration de l'antiviral, atteignant 0% à une concentration spécifique appelée CE50. La courbe bleue montre la diminution de la viabilité cellulaire avec l'augmentation de la concentration de l'antiviral, atteignant 0% à une concentration appelée CC50. Les deux courbes présentent une forme sigmoïde typique, indiquant une relation dose-effet.

Détermination de la concentration efficace 50% (CE₅₀) et de la concentration cytotoxique 50% (CC₅₀) d’un antiviral à partir des courbes effet-dose.
La courbe effet-dose de l’antiviral (courbe rouge) en forme de sigmoïde est tracée en représentant le pourcentage de production virale par rapport au témoin sans antiviral (témoin virus) pour chaque dose d’antiviral. On peut ensuite calculer la CE₅₀, avec précision sur la partie linéaire de la pente. On peut calculer de la même façon la CC₅₀ sur la courbe effet-dose de l’antiviral résultant du test de cytotoxicité (courbe bleue).

26 Afin d’éviter tout risque de mauvaise interprétation, il est nécessaire d’utiliser la dose de virus adéquate. Il faut donc soit effectuer le titrage de la souche virale avant la réalisation du test de détermination de la CE₅₀, soit utiliser la méthode d’analyse dite « en échiquier » en faisant varier à la fois la dose de virus et la concentration d’antiviral. Les tests phénotypiques existant sont très différents les uns des autres et peu standardisés. Il n’est donc pas surprenant d’avoir des valeurs de CE₅₀très variables entre deux techniques. En effet, les valeurs de CE₅₀ne peuvent être comparées que lorsque le type cellulaire et la technique de révélation sont identiques. Ces différences techniques expliquent qu’il existe donc des seuils d’interprétation, en termes de concentration d’antiviral, différents selon les techniques et les centres qui réalisent ces tests. Enfin, le dernier inconvénient de ces tests phénotypiques concerne le délai de rendu du résultat. Ce dernier est plutôt long (environ sept à dix jours), c’est pourquoi ces tests phénotypiques sont désormais plutôt utilisés pour compléter les résultats obtenus par les tests génotypiques, notamment en cas d’identification de mutations non connues.

Tests génotypiques

27 Le principe de ces tests repose sur l’identification par séquençage de mutations dans les gènes viraux qui codent les enzymes impliquées dans le mécanisme d’action des antiviraux, à savoir UL23 (TK) et UL30 (ADN polymérase). Classiquement pour les HSV, c’est l’utilisation de la technique de séquençage de type Sanger qui est utilisée. Après une étape d’amplification par PCR, éventuellement suivie d’une PCR nichée pour augmenter la sensibilité, les amplicons générés sont séquencés. Les séquences nucléotidiques obtenues sont comparées à des séquences de référence et il est nécessaire d’interpréter les résultats en classant les mutations selon qu’elles sont associées à de la résistance aux antiviraux ou à du polymorphisme naturel. Pour les HSV, il n’existe pas d’algorithme officiel mis à jour régulièrement pour l’interprétation des mutations identifiées. Les seules données disponibles sont celles publiées dans la littérature scientifique. Cette approche par technique Sanger peut être quelquefois prise en défaut lorsque les charges virales sont faibles, et ne permet pas de détecter les variants minoritaires présents au sein de la population virale. Au contraire, les nouvelles technologies de séquençage de type NGS (next-generation sequencing) permettent d’améliorer grandement la détection de l’ensemble des variants viraux et, potentiellement, de détecter l’émergence de mutants résistants à des stades plus précoce de l’infection. Plusieurs publications récentes montrent que ces techniques peuvent être intéressantes pour les HSV. En effet, il est possible de mieux caractériser la population virale grâce à ces techniques. Généralement, la technique Sanger ne permet pas de détecter des mutations qui seraient présentes à un taux inférieur à 20 % dans la population alors que le NGS permet la détection des variants présents en plus faible proportion en estimant la fréquence spécifique de chacun des variants. Le pyroséquençage, ou séquençage en émulsion par émission de fluorescence, est abandonné au profit du séquençage en émulsion par modification de pH (technologie Ion Torrent, Life Technologies), plus rapide (4 h à 7 h versus 10 h à 20 h), moins coûteux et présentant une profondeur de séquençage plus importante. Néanmoins, la fiabilité du séquençage lors d’insertion ou de délétion nucléotidique n’est, là non plus, pas parfaite. C’est surtout le séquençage par émission de fluorescence sur phase solide (technique Illumina/Solexa) qui domine dans le domaine de la virologie, du fait de la plus grande simplicité et du faible taux d’erreur (environ 0,1 %) [68]. La taille relativement courte des séquences (200 pb environ) est compensée par le grand nombre de séquences produites. La durée de l’analyse reste assez longue (30 h à 100 h), mais le coût est relativement raisonnable. Cette technique permet ainsi une analyse fine des populations virales. Enfin, des technologies dites de troisième génération voient actuellement le jour, mais restent d’utilisation plus limitée. On citera, par exemple, le séquençage d’une molécule unique en temps réel (technologie de Pacific Biosciences et Oxford Nanopore) permettant d’obtenir une longueur de séquence importante (> 1000 pb), mais avec un taux d’erreurs non négligeable et un coût important [69].

Identification de nouvelles mutations de résistance aux antiviraux

Tests enzymatiques fonctionnels

28 Le développement de méthodes simples permettant de caractériser les mutations responsables de la résistance des HSV aux antiviraux est d’un grand intérêt. Les premiers travaux sur l’étude de l’activité fonctionnelle de la TK virale ont été publiés dès 1986. Funderburgh et al. ont montré l’existence de souches de HSV-1 isolées de patients atteints de kératites herpétiques traités sans succès par l’iododésoxyuridine (IdU), un analogue de la dT. Les isolats cliniques ont pu être mis en culture sur une lignée cellulaire B82 d’origine murine déficitaire en TK. Puis, l’activité de phosphorylation de la TK virale a été mesurée vis-à-vis de la dT et de l’IdU radiomarquées après une réaction kinase réalisée sur un échantillon du lysat cellulaire [70]. Au début des années 2000, des méthodes similaires pour l’étude fonctionnelle de la TK virale in vitro ont été réalisées à partir de surnageants de cultures cellulaires déficitaires en TK et infectées par des isolats de HSV-2 provenant d’un nouveau-né atteint d’herpès néonatal [71] et par des souches de HSV-1 résistantes à l’ACV sélectionnées in vitro [72]. Dans la continuité de ces premiers travaux, des systèmes d’expression de la TK du HSV-1 in vitro (en bactéries sous induction par l’isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside [IPTG] ou en lysat de réticulocytes de lapin) suivis d’une étude de l’activité enzymatique de phosphorylation de la dT par la TK virale ont été mis au point pour la caractérisation du rôle précis de certaines mutations [73-75]. Toutefois, ces méthodes, qui permettent d’associer une mutation à un profil phénotypique de type TK-altérée voire TK-déficiente, utilisaient la radioactivité pour mesurer l’activité de phosphorylation de la TK du HSV-1 uniquement. Un autre système original d’expression du gène de la TK du HSV-1 dans le parasite Leishmania, normalement dépourvu d’activité TK endogène, a été mis au point pour discriminer de façon indirecte les mutations de la TK conférant la résistance à l’ACV, des mutations impliquées dans le polymorphisme naturel [76]. Plus récemment, la TK sauvage et des TK mutées du HSV-1 ont été exprimées dans des cellules 293T (cellules embryonnaires humaines) après transfection en présence d’un virus HSV-1 TK-déficient et de concentrations croissantes d’ACV. Par la suite, la quantification par PCR en temps réel de la multiplication virale permettait de déterminer la CE₅₀ de la souche testée vis-à-vis de l’ACV. L’avantage de ce système est de pouvoir tester d’autres molécules antivirales que l’ACV [77]. D’autres équipes ont mis au point des méthodes d’étude de l’activité fonctionnelle de la TK des HSV sans radioactivité, mais en utilisant la chromatographie liquide haute performance (CLHP), la spectrophotométrie de masse MALDI-TOF, la chimioluminescence ou la révélation par ELISA [78-82].

Utilisation des virus recombinants

29 Traditionnellement, le rôle putatif de mutations dans la résistance aux antiviraux était confirmé par des expériences de transfert de marqueur. Une mutation précise était transférée dans un fond génétique de virus sensible aux antiviraux par recombinaison homologue [32, 83-87]. Expérimentalement, il fallait transfecter des cellules permissives avec, simultanément, le génome viral intact d’une souche de référence et le gène, contenant la mutation de résistance suspectée, à échanger par recombinaison homologue. La sélection du virus recombinant était alors réalisée grâce à un antiviral. Une autre approche consistait à générer des virus recombinants en co-transfectant des cosmides et des plasmides chevauchants dans des cellules permissives [87-89]. Plus récemment, la solution permettant de facilement créer des virus recombinants est apparue en détournant la machinerie bactérienne. L’utilisation de virus recombinants produits en utilisant un système de chromosome artificiel bactérien (bacterial artificial chromosome,BAC) a été développé récemment pour HSV dans le cadre de la résistance aux antiviraux [90-92] sur le modèle des travaux effectués sur le CMV [93-96]. En effet, le clonage des génomes viraux entiers dans des vecteurs de type BAC est possible et permet de manipuler ces génomes en utilisant les systèmes de recombinaison présents chez les bactéries, notamment Escherichia coli. La reconstitution des particules virales infectieuses mutantes est ensuite obtenue après transfection de cellules de mammifères permissives. Il suffit ensuite de réaliser des tests phénotypiques de recherche de résistance aux antiviraux (antivirogramme) pour clarifier le rôle des mutations d’intérêt. Cette technologie, qui permet d’étudier des mutations situées dans le gène de la TK et/ou dans le gène de l’ADN polymérase, constitue dorénavant la méthode de référence.

Perspective de nouveaux antiviraux : les inhibiteurs du complexe hélicase-primase

30 Le complexe hélicase/primase (UL5/UL52) associé à sa protéine accessoire (UL8) joue un rôle indispensable dans la réplication de l’ADN viral puisqu’il permet de dérouler l’ADN viral double brin (activité de l’hélicase) et de produire les amorces nécessaires à l’initiation de la réplication par l’ADN polymérase (activité de la primase) (figure 3). Les hélicases jouent un rôle central, non seulement dans la mise en place de la boucle de réplication, mais aussi dans la régulation de la dynamique et de la coordination du processus de réplication du génome. Les primases constituent une classe majeure de partenaires d’interaction avec l’hélicase. Elles synthétisent les amorces complémentaires des brins d’ADN en cours d’élongation permettant ainsi une action optimale de l’ADN polymérase [97]. La protéine accessoire facilite le recrutement du complexe polymérasique (UL30/UL42). Ce complexe apparaît donc comme une cible thérapeutique intéressante. Encore au stade des essais cliniques, les inhibiteurs du complexe hélicase/primase (IHP) que sont l’aménamévir (AMV) et le pritélivir (PTV) s’avèrent être de nouvelles molécules très prometteuses [98]. À ce jour, le PTV a montré son efficacité, au cours d’un essai clinique de phase 2, dans le traitement de l’herpès génital [99]. D’autres essais cliniques de phase 2 sont en attente de résultats ou en cours pour le PTV dans le cadre du traitement de l’herpès labial sous forme topique, ou du traitement des infections cutanéomuqueuses par HSV résistantes à l’ACV chez les patients immunodéprimés. L’AMV, pour lequel sont attendus les résultats d’un essai clinique de phase 3 dans le cadre du traitement des infections herpétiques labiales et génitales, a d’ores et déjà été autorisé au Japon en 2017 pour le traitement du zona. Ces molécules ont démontré lors d’études cliniques une très bonne efficacité dans le traitement des lésions herpétiques. Il a été observé une activité du PTV in vitro supérieure à celle de l’ACV [100]. L’AMV présente une CE₅₀moyenne de 0,036 μM pour le HSV-1 et une activité 14 fois supérieure à celle du VACV [101]. Leur principal atout est de rester actif sur les virus résistants à l’ACV [102]. De plus, elles possèdent une biodisponibilité de l’ordre de 40 % pour l’AMV et de plus de 60 % pour le PTV, permettant donc leur administration par voie orale [103, 104]. D’autres avantages ont été décrits : une activité synergique avec l’ACV, ainsi qu’une excellente diffusion au travers de la barrière hémato-encéphalique [102-105]. Ces caractéristiques sont encourageantes pour le traitement des encéphalites herpétiques, et notamment celles dues à une souche de HSV résistante à l’ACV. Malheureusement des mutations conférant une résistance à ces IHP ont déjà été identifiées, principalement in vitro [100, 106, 107].

Conclusion

31 Les infections par les HSV constituent un important problème de santé, notamment parmi les populations de patients immunodéprimés, et ce malgré la disponibilité d’une molécule très active et quasiment atoxique : l’ACV. Il y a, à ce jour, peu de molécules alternatives à l’ACV disponibles en France ayant une autorisation de mise sur le marché (AMM) : ce sont toutes des inhibiteurs de l’ADN polymérase virale. En France, c’est classiquement le FOS qui est utilisé en deuxième ligne pour remplacer l’ACV, mais, malheureusement, il possède un fort pouvoir néphrotoxique. De plus, la résistance des HSV antiviraux peut également complexifier la prise en charge thérapeutique des patients concernés. Le développement de nouveaux antiviraux est fondamental et doit absolument cibler des enzymes virales différentes, afin d’éviter les problèmes de résistance croisée et de permettre de réaliser des associations potentiellement synergiques, tout en possédant un minimum d’effets indésirables. Ainsi, la découverte récente des IHP constitue une avancée majeure pour espérer prochainement compléter l’arsenal thérapeutique des antiviraux anti-HSV.

Liens d’intérêt

32 les auteurs déclarent ne pas avoir de lien d’intérêt en rapport avec cet article.

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Mots-clés éditeurs : antiviraux, infection par les HSV, nouvelles molécules en développement, patients immunodéprimés, prise en charge thérapeutique, résistance aux antiviraux

Date de mise en ligne : 14/10/2024

https://doi.org/10.1684/vir.2020.0864

Compte personnel

Résistance des virus herpes simplex aux antiviraux

Citer cet article

Introduction

Mécanisme d’action des antiviraux

Antiviraux actuellement disponibles

TK virale : enzyme clé de l’activation des analogues nucléosidiques

Activation des analogues de désoxyguanosine

Activation de la BVdU

Activation du CDV

ADN polymérase virale : enzyme clé de la réplication du génome viral

Mécanisme d’action moléculaire des antiherpétiques

Résistance des HSV aux antiviraux

Prévalence et facteurs de risques

Mécanismes moléculaires

Mutations identifiées dans la TK

Mutations identifiées dans l’ADN polymérase

Impact des mutations de résistance sur l’activité de l’ADN polymérase

Diagnostic de la résistance des HSV aux antiviraux

Tests phénotypiques

Tests génotypiques

Identification de nouvelles mutations de résistance aux antiviraux

Tests enzymatiques fonctionnels

Utilisation des virus recombinants

Perspective de nouveaux antiviraux : les inhibiteurs du complexe hélicase-primase

Conclusion

Liens d’intérêt

Références

Accès institutions

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