Infections d’origine alimentaire : risques et impact

1 Les infections d’origine alimentaire regroupent des infections très diverses, dues à plus de deux cents bactéries, virus, parasites et agents non conventionnels [1]. La part de la transmission alimentaire de ces infections n’est pas toujours bien déterminée, certaines pouvant également être transmises par l’eau, de personne à personne, par contact direct avec des animaux ou encore par d’autres voies.

2 Ces infections se manifestent pour la plupart par des symptômes digestifs, mais de nombreuses autres manifestations sont également possibles. Elles peuvent être graves, voire mortelles, tels la méningo-encéphalite à Listeria monocytogenes ou le syndrome hémolytique et urémique (SHU) consécutif à une infection à Escherichia coli entéro-hémorragique. Si elles sont le plus souvent aiguës, certaines ont des manifestations chroniques, comme quelques formes de brucellose, la tuberculose ou la fasciolose. D’autres exposent à des complications ou à des séquelles à long terme, comme la toxoplasmose congénitale et le syndrome de Guillain-Barré après une infection à Campylobacter jejuni.

Organisation de la surveillance en France

3 En France, la surveillance des maladies infectieuses d’origine alimentaire chez l’homme, coordonnée par l’Institut de veille sanitaire (InVS), repose sur plusieurs systèmes complémentaires : la déclaration obligatoire (DO), les centres nationaux de référence (CNR), des réseaux de biologistes et des réseaux de cliniciens volontaires [2]. Les principaux objectifs sont de suivre les tendances évolutives des maladies surveillées, de décrire les caractéristiques des cas, de détecter des épidémies ou des phénomènes émergents.

4 Neuf maladies potentiellement d’origine alimentaire sont actuellement à déclaration obligatoire (DO) : le botulisme, la brucellose, le charbon, le choléra, la listériose, les fièvres typhoïde et paratyphoïde, l’hépatite A, les suspicions de maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ) et autres encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles (ESST), et la tularémie. En 2015, quatorze CNR assurent ou contribuent à la surveillance de dix-sept agents responsables de maladies à transmission potentiellement alimentaire : le botulisme, la brucellose, les infections à Campylobacter spp., le charbon, les infections à E. coli entéro-hémorragique, les hépatites A et E, la listériose, les salmonelloses, les shigelloses, les infections à Vibrio sp., les yersinioses, les infections à virus entériques, l’échinococcose alvéolaire, la maladie de Creutzfeldt-Jakob, la tularémie et la toxoplasmose.

5 Des réseaux de cliniciens ou de biologistes, hospitaliers et libéraux, contribuent à la surveillance de plusieurs maladies d’origine alimentaire. Par exemple, depuis 1996, le syndrome hémolytique et urémique (SHU) pédiatrique, maladie dont la majorité des cas est associée à une infection à E. coli entéro-hémorragique, est surveillé par un réseau national de trente et un services hospitaliers de néphrologie pédiatrique coordonné par l’InVS. Le Réseau national de surveillance des MCJ et des maladies apparentées (RNS-MCJ) assure depuis 2000 la surveillance de la maladie de Creuztfeldt-Jakob et des maladies apparentées, en s’appuyant sur l’ensemble des neurologues, biologistes et anatomopathologistes susceptibles de recenser des cas de MCJ et de variants (v-MCJ).

6 De surcroît, toute personne peut déclarer à l’Agence régionale de la santé (ARS) la survenue d’au moins deux cas de maladie suite à la consommation d’un repas ou aliment commun (une toxi-infection alimentaire collective, Tiac). Ces Tiac sont systématiquement investiguées par les ARS et les directions départementales de la protection des populations (DDPP). Chaque année, environ 1 500 Tiac, impliquant entre 12 et 15 000 malades, sont investiguées en France, ce qui permet de prendre des mesures de retrait de produit ou de renforcement d’hygiène dans les établissements. Parfois, l’investigation d’une simple Tiac familiale conduit à la détection d’épidémie plus diffuse, parfois de grande ampleur, dans certains cas à l’échelle européenne ou mondiale. Par exemple, en 2014, l’investigation de plusieurs petites Tiac familiales dans l’est de la France a permis de détecter des œufs contaminés, d’origine allemande, à l’origine d’une large épidémie touchant plusieurs centaines de personnes en Allemagne, Autriche et au Royaume-Uni [3]. Par ailleurs, ce dispositif, qui ne vise pas un pathogène particulier mais des syndromes en lien avec l’alimentation, permet potentiellement d’identifier des agents encore inconnus, ou dont le potentiel pathogène n’est pas encore connu ou dont la transmission alimentaire était ignorée. Par exemple, la transmission alimentaire du virus de l’hépatite E en France a été démontrée grâce à l’investigation de Tiac chez trois familles ayant consommé des saucisses à base de foie de porc cru [4].

7 La surveillance des infections d’origine alimentaire a identifié ces dernières années plusieurs phénomènes notables, en particulier l’augmentation importante du nombre de souches de variants monophasiques de Salmonella sérotype typhimurium et l’augmentation continue de l’incidence des infections à Campylobacter. Elle a permis également de repérer l’évolution rapide du nombre de souches de Salmonella et de Campylobacter résistantes aux antibiotiques associée à une extension de leur spectre de résistance.

La partie émergée de l’iceberg

8 Les systèmes de surveillance sous-estiment le vrai fardeau des infections d’origine alimentaire, car les cas répertoriés ne constituent qu’une partie des cas réellement survenus. En effet, pour que la surveillance puisse recenser un cas, la personne doit avoir consulté un médecin, fait réaliser une analyse de selles ou autre analyse de biologie médicale, et le laboratoire a dû isoler et envoyer la souche ou l’information sur l’analyse au CNR. Pour mieux estimer le fardeau réel des principales infections d’origine alimentaire, l’InVS a réalisé en 2014 une étude des campylobactérioses et des salmonelloses survenant chaque année en France, y compris celles n’ayant pas donné lieu à une consultation médicale ou à un diagnostic au laboratoire de microbiologie. Plusieurs sources de données ont été utilisées pour produire ces estimations : les données du CNR Campylobacter et du CNR Salmonelles, celles du Réseau Sentinelles, celles du programme médicalisé des systèmes d’information (PMSI) et du Système national d’information inter-régimes de l’assurance maladie (Sniiram). Le nombre annuel de cas survenant en France a ainsi été estimé à 529 000 pour les campylobactérioses et 192 450 pour les salmonelloses, respectivement 115 et 20 fois le nombre identifié par les systèmes de surveillance [5]. Ces estimations s’accompagnent d’une marge d’incertitude importante, le nombre de cas estimés se situant entre 330 000 et 1 060 000 pour les campylobactérioses, et entre 108 000 et 383 000 pour les salmonelloses.

Surveillance microbiologique de la chaîne alimentaire

9 La surveillance des micro-organismes à différents stades de la chaîne alimentaire humaine et animale représente un outil essentiel pour la maîtrise de la sécurité sanitaire des aliments. Cette surveillance permet d’estimer la contamination des aliments par des micro-organismes pathogènes pour l’homme, les sources de cette contamination et les produits les plus contaminés. Elle repose sur des dispositifs d’une part des pouvoirs publics et d’autre part des professionnels. La Direction générale de l’alimentation (DGAl) gère des plans de surveillance et de contrôle pour les denrées d’origine animale, et la Direction générale de la consommation, de la concurrence et de la répression des fraudes (DGCCRF) ceux des denrées d’origine végétale. Les opérateurs de la chaîne alimentaire effectuent des autocontrôles à différents stades de la production [6]. L’Observatoire de l’alimentation, créé par la loi de modernisation de l’agriculture et de la pêche adoptée en 2010, permet de mutualiser des données de surveillance des secteurs privés et publics et ainsi d’objectiver le niveau de sécurité sanitaire des aliments sur le marché national, en dehors des situations de crise [7].

Surveillance européenne

10 L’ensemble des données de surveillance issues des différents systèmes permet à l’InVS, l’Anses et la DGAl de contribuer à la surveillance européenne en transmettant les données issues de la surveillance chez l’homme au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et celles de la surveillance chez les animaux et dans les aliments à l’Agence européenne de sécurité sanitaire des aliments (Efsa). En cas d’alerte, les plates-formes d’échanges sécurisés de l’ECDC et de la Commission européenne permettent la transmission rapide des informations entre les autorités et agences nationales et les autorités européennes.

Nouvelles menaces et enjeux

11 De nouvelles menaces pour la sécurité sanitaire des aliments apparaissent sans cesse. Les changements qui interviennent dans la production, la distribution et la consommation des aliments (notamment les changements comportementaux des consommateurs), les changements environnementaux, les agents pathogènes nouveaux et émergents ou désormais détectables du fait des progrès des méthodes de laboratoire, la résistance aux antimicrobiens, posent autant de problèmes aux systèmes nationaux de sécurité sanitaire des aliments.

12 L’internationalisation des systèmes alimentaires et la globalisation des échanges font que les chaînes d’approvisionnement alimentaire traversent désormais de multiples frontières et sont de plus en plus complexes et longues, créant ainsi d’énormes défis pour la traçabilité des produits et leurs différents ingrédients. Des produits en provenance de pays tiers, dont les réglementations et contrôles sont moins rigoureux, sont utilisés dans des produits transformés et circulent globalement, ce qui favorise les transferts de pathogènes, même si les usines fabriquant ces produits font l’objet d’une inspection régulière par l’Office vétérinaire alimentaire européen (OAV). L’intensification et l’industrialisation de l’agriculture et de la production animale suscitent d’importants défis pour la sécurité sanitaire des aliments, en raison de la vitesse et de l’étendue de la distribution des produits. Des incidents locaux peuvent ainsi rapidement dégénérer en urgence internationale. L’urbanisation conduit à des exigences accrues en matière de transport, d’entreposage et de préparation des aliments. Ces développements conduisent à des situations dans lesquelles une source unique de contamination peut avoir des conséquences largement étendues, parfois même à l’échelle mondiale. Parmi les exemples figure la flambée d’E. coli entéro-hémorragique qu’a connue l’Allemagne en 2011 suite à la contamination de pousses de fenugrec dont les graines étaient produites en Égypte, et pour laquelle plus de quatre mille cas ont été notifiés dans huit pays d’Europe et d’Amérique du Nord, avec cinquante-trois décès à la clef [8].

13 Les changements d’habitudes en matière de consommation ont conduit au développement de l’alimentation collective et à l’utilisation accrue d’aliments préparés et d’aliments prêts à consommer. Au risque lié à la matière première s’ajoutent des risques inhérents au processus de transformation, y compris des risques de contamination d’origine humaine, tout au long de la chaîne de production. Les risques d’exposition sont démultipliés par le volume des lots de production, car un seul lot contaminé introduit dans une « mêlée » de multiples lots aboutit à la contamination de l’ensemble, comme cela a été décrit par exemple pour la viande hachée [9]. Si les procédures qualité et les autocontrôles mis en œuvre par les industries agroalimentaires permettent globalement de mieux maîtriser les risques, une garantie absolue ne peut pas être apportée pour chaque lot d’aliments produits.

14 Un autre enjeu tient aux pratiques alimentaires et culinaires. La consommation de plus en plus fréquente de produits d’origine animale peu ou pas cuits (steak haché peu cuit, différents types de « tartares » [viande, poisson, œufs]) et de produits importés exotiques contribue à faire évoluer les risques. Il existe une méconnaissance quant à l’usage final de l’aliment. Une forte proportion de maladies d’origine alimentaire est due à une préparation impropre des produits ou à une mauvaise manipulation à domicile, dans les établissements de restauration ou sur les marchés. Les personnes qui manipulent les aliments ainsi que les consommateurs ne sont pas tous familiers avec les pratiques d’hygiène de base concernant la manipulation et la préparation des aliments, comme par exemple l’importance de séparer les aliments crus des aliments cuits, le lavage régulier des mains et des ustensiles au cours de la préparation, de la cuisson à cœur des aliments à risque, du maintien de la chaîne du froid.

15 La majorité des toxi-infections alimentaires touchent davantage les populations les plus fragiles : les personnes immunodéprimées, les personnes atteintes de pathologies chroniques, les personnes âgées et les jeunes enfants. Avec le vieillissement de la population et les avancées de la médecine, la population des personnes (très) âgées et des personnes immunodéprimées augmente rapidement et constitue une proportion importante des consommateurs. Les analyses de risque doivent tenir compte de la sensibilité accrue de ces populations.

Stratégies de prévention et de maîtrise des risques

16 La grande majorité des infections d’origine alimentaire sont des zoonoses (infections transmises naturellement des animaux vertébrés à l’homme). Les crises sanitaires récentes mettent en évidence l’importance de l’interface homme-animal-écosystème dans l’évolution et l’émergence des pathogènes, d’où l’importance d’une coopération intensive entre les acteurs de la santé animale et la santé publique. Afin de surmonter les limites des approches conventionnelles sur les maladies infectieuses, un nouveau concept, dénommé « One health » (une seule santé), s’est développé, visant à renforcer les liens entre santé humaine, santé animale et gestion de l’environnement.

17 Les programmes de sécurité sanitaire des aliments privilégient de plus en plus une approche dite « de la ferme à la table » ou « de la fourche à la fourchette ». Cette méthode prend en considération chacun des maillons de la chaîne alimentaire, depuis la matière première et l’animal ou le végétal qui la produit jusqu’à la consommation. Elle comprend les mesures qui contribuent à la qualité de la production primaire (végétaux non transformés et animaux destinés à la consommation), de la transformation des denrées, de leur transport et de leur distribution. Cette politique est largement encadrée par le droit communautaire. Le « paquet hygiène », un ensemble de six règlements du Parlement européen et du Conseil adoptés entre 2002 et 2005, confie aux professionnels, qu’ils soient éleveurs, agriculteurs, responsables d’établissements agroalimentaires ou de restauration, la responsabilité première de la sécurité sanitaire des denrées. Le rôle de l’État a évolué vers un contrôle de second niveau, s’appuyant sur un meilleur ciblage des contrôles. En France, plusieurs administrations sont chargées de mettre en œuvre la politique de sécurité sanitaire de l’alimentation, principalement le ministère de l’Agriculture (DGAl), le ministère de l’Économie (DGCCRF) et le ministère de la Santé (DGS). Des systèmes élaborés d’épidémio-surveillance sont indispensables afin de détecter précocement des nouveaux risques et de documenter leurs déterminants, permettant la gestion et la mise en place de mesures appropriées.

18 L’approvisionnement alimentaire étant de plus en plus mondialisé, le renforcement des systèmes de sécurité sanitaire des aliments dans les pays et entre eux est primordial. La surveillance européenne, coordonnée par l’ECDC et l’Efsa, et les systèmes d’échange rapide en cas d’alerte mis en place par l’ECDC et la Commission européenne, ont permis de sensiblement renforcer le dispositif européen. À l’échelle mondiale, le Réseau international des autorités de sécurité sanitaire des aliments (Infosan) a été créé par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et l’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) dans le but de partager rapidement des informations en cas d’urgence relative à la sécurité sanitaire des aliments.

Conclusion

19 La sécurité sanitaire des aliments est une responsabilité partagée entre professionnels (producteurs, transformateurs, distributeurs), services publics et consommateurs. Des mesures de prévention et de contrôle, mises en place ces dernières décennies tout le long de la chaîne alimentaire, ont porté leurs fruits comme l’illustrent les baisses spectaculaires d’incidence de la listériose et de certains sérotypes de Salmonella. Toutefois, les infections d’origine alimentaire persistent avec une incidence élevée. Les infections à Salmonella, Campylobacter et Listeria monocytogenes continuent à avoir un impact important en morbidité et mortalité, mais d’autres infections, comme les infections à E. coli entéro-hémorragique ou par le virus de l’hépatite E, méritent également l’attention. Ces évolutions soulignent l’importance de la surveillance épidémiologique et microbiologique des infections alimentaires humaines en interface étroite avec la surveillance de la santé animale et les contrôles de la chaîne alimentaire.