1Lire le monde qui l’entoure, en ordonner l’apparent désordre, est un trait de la conscience humaine bien partagé. Cette mise en ordre procède par la reconnaissance, l’identification des objets (êtres et choses), leur dénomination et leur réunion dans des ensembles. Il est difficile de séparer la démarche qui nomme de celle qui classe. En effet les dénominations concernent des entités, des populations, des groupes et non des individus. Elles peuvent varier à l’infini, certes, mais dès qu’elles se veulent exhaustives, elles inventent un système pour trier ces listes trop longues. Ces listes brutes constituent des nomenclatures.

2Toutes les cultures ont catégorisé les objets du monde. Le « catégorisateur » est le centre et le référent et c’est à son aune que les divisions s’opèrent. Les découpages et les regroupements sont d’abord d’ordre utile, sachant que dans utile, on peut inclure des utilités magiques ou sociales.

3Des catégories utiles sont justement très pratiques dans la vie quotidienne et continuent de servir. Il est utile de savoir les plantes qui sont comestibles ou la pérennité au froid des végétaux qu’on va planter dans son jardin.

4On sait qu’au Jardin du Roy à Paris, le futur Jardin des Plantes, à sa création en 1626, les plantes sont rassemblées par Guy de La Brosse (1586-1641) selon leur « ordre de vertus », entendre leur utilité pour l’Homme.

5Cependant, et c’est reconnu dans l’Antiquité européenne classique, la volonté de nommer et de classer veut très vite rendre compte de l’ordre du monde, de son harmonie. Aristote (384-322 av. J.-C.), Théophraste (v.371- v.288 av. J.-C.), Pline l’ancien (23-79) pensent que sous le désordre un ordre naturel existe et qu’il peut être perçu par l’Homme grâce à l’observation. La pensée médiévale chrétienne s’appuie sur Aristote et avec la Bible pense que l’ordre du monde procède de la divinité. À la Renaissance, l’émergence de la pensée scientifique est dans cette ligne et n’imagine l’ordre du monde que comme reflet de la sagesse divine. L’observation toutefois n’est pas encore nécessaire et l’expérience encore moins. Aux choses nommées et classées bien présentes dans la réalité s’ajoutent des êtres imaginaires ou supposés réels comme dans le célèbre traité Des montres et des prodiges d’Ambroise Paré (v. 1509-1590).

6Cette émergence de la pensée scientifique en Occident va amener l’émancipation de la botanique et de la zoologie, de la médecine et de la pharmacie. On commence à s’intéresser aux plantes et aux animaux pour eux-mêmes et non plus uniquement par rapport à leur stricte utilité pour l’espèce humaine. Après le xvi^e siècle, avec la découverte d’autres terres, la quantité d’objets terrestres s’accroît vite. La nécessité de nommer, d’ordonner est fondamentale pour que les premiers naturalistes puissent « s’y retrouver ». Les classifications commencent à apparaître. Les plantes en sont d’abord le support privilégié car séchées et mises en herbier, elles gardent un aspect qui permet leur observation anatomique même si leur récolte est éloignée ou ancienne.

7Joseph Piton de Tournefort (1656-1708), médecin et botaniste au Jardin du Roy, propose une classification fondée sur le nombre de pétales et les fruits des végétaux. C’est lui qui est l’inventeur de la notion de genre pour grouper les plantes dont les ressemblances sont manifestes. Il ramasse les descriptions naturalistes en une phrase courte puis atteint une dénomination en binôme ou trinôme. Mais ce type de systématisation dans la dénomination est rare à l’époque et l’inventaire des « cabinets de curiosité », lieux de rassemblement des pièces naturalistes récoltées lors des voyages en particulier, est souvent un catalogue hétéroclite de gloses plus ou moins longues sur les items en collection. Il est difficile de s’y retrouver, et d’un inventaire à un autre, on ne sait pas très bien de quoi on parle. Car l’enjeu est là pour la science naissante : fixer précisément les objets qu’elle décrit et sur lesquels elle expérimente afin de rendre les savoirs échangeables, transmissibles et les expériences reproductibles, processus qui sont les fondements de la « production de la science ».

8Et vint Linné. Carl von Linné (1707-1778), naturaliste suédois, publie en 1735 le Systema naturae qui propose la dénomination et la classification de 5 900 plantes. En 1753, il publie le Species plantarum catalogue et première flore mondiale jamais éditée. Et surtout il élabore une division des êtres vivants en deux règnes, végétal et animal, des ordres, des classes, des genres et des espèces. Il met au point une dénomination simple dite « binominale » qui est constituée d’un nom de genre et d’un nom d’espèce. Il étend ce système à tout le vivant et même aux minéraux. Le succès est immense et le côté simple et systématique emporte l’adhésion des naturalistes européens. Seuls les Français actifs au Jardin du Roy autour de Buffon (1707-1788) résistent car usant déjà de classifications depuis Tournefort, confortées par Bernard de Jussieu (1686-1777), Antoine de Jussieu (1686-1758) et leur neveu Antoine Laurent de Jussieu (1748-1830) qui posent le principe de la subordination des caractères pour élaborer une classification. Ils démontrent que quelques caractères constants et stables définissent mieux un ensemble homogène selon ceux-ci qu’une liste longue de caractères plus ou moins labiles. À ce titre, ils reprochent à Linné l’artifice de sa classification. En effet la subordination des caractères permet de construire des groupes « plus naturels » même si le choix des caractères reste arbitraire quoiqu’ils soient observables. La classification linnéenne est fondée en ce qui concerne les plantes sur les pièces florales et le nombre et la répartition des pièces sexuelles, étamines et pistils. Linné, comme ses contemporains naturalistes avec la démonstration assez récente des preuves de la sexualité des plantes – Sébastien Vaillant (1669-1722) au Jardin du Roy, entre autres, lors de sa leçon inaugurale en 1708 –, est convaincu de l’universalité de la sexualité et de son rôle moteur dans la dynamique du vivant. Certes, toute classification est une construction intellectuelle plus ou moins fondée sur l’observation et/ou des faisceaux de preuves et de présomptions étayées scientifiquement, mais pour les Français du xviii^e siècle, elle doit être le reflet d’un ordre naturel, intrinsèque au monde. Linné est très croyant et pour lui sa classification est intrinsèque à la sagesse divine, la nature n’a rien à voir là-dedans. Les Français résisteront un peu avec des classifications faites par Michel Adanson (1727-1806) et ses dénominations déclinées à partir du nom de genre auquel on ajoute un suffixe, et surtout Jean-Baptiste Lamarck (1744-1829) qui dans son Genera plantarum de 1789 donne la notion de famille, absente chez Linné et déjà posée par son aîné Adanson, et qui sera admise à durer. C’est en effet un niveau des classifications assez « intuitif » et perceptible aisément en général par des critères morphologiques apparents. Mais la dénomination binomiale linnéenne s’impose et c’est elle qui est toujours en vigueur pour nommer les êtres vivants, même si la classification linnéenne a disparu en tant que système avec toutefois la permanence des règnes, ordres et classes. Cette dénomination a résisté à l’irruption, fondatrice de la biologie moderne avec la génétique, de la théorie de l’évolution énoncée par Charles Darwin (1809-1884) dans De l’origine des espèces paru en 1859. L’introduction de l’évolution dans les classifications en a bouleversé les approches. Les êtres ont été regroupés selon leurs degrés de parenté supposée. On y a inclus les « espèces » fossiles. Ensuite avec les travaux de Georg Mendel (1822-1884) et ceux de Thomas Hunt Morgan (1866-1954), qui donnent les règles de l’hérédité puis en trouvent le support organique, les liens de parenté supposés sont filtrés, revus avec ces nouveaux marqueurs et les classifications ont encore été modifiées depuis un demi-siècle. Elles sont dites aujourd’hui « phylogénétiques » car elles expriment l’état de la connaissance des relations de « descendances » entre les espèces. Les groupes définis par ces classifications sont des phylums ou lignées. Ils ne recouvrent pas les anciens niveaux élevés des classifications antérieures qui se modifient pour coller à ces schémas inédits. Les groupes sont constitués, quel que soit le niveau, par des ensembles d’espèces qui ont un plus petit dénominateur commun sans hiérarchie. Ils rassemblent des entités par ce qui les rapprochent et non par ce qui les séparent ou par le devenir que l’histoire du vivant a réservé à certains de leurs ancêtres. Il n’y a donc pas de référent réel ou implicite. Les invertébrés n’existent plus car définis à partir des vertébrés (dont l’Homme) ou encore les poissons ne sont plus des vertébrés qui ne seraient pas sortis de l’eau et ce groupe analysé dans sa structure historique vole en éclat. Les classifications phylogénétiques actuelles trouvent leurs logiques dans le vivant lui-même, étayées par l’évolution et la génétique, et dans la construction strictement « mathématique » d’ensembles de choses liées par des critères communs. Sans doute sont-elles plus naturelles ainsi que celle de Linné.

9Revenons à cette dénomination scientifique des êtres vivants telle qu’elle est appliquée actuellement et décrivons – en les règles. Prenons l’exemple du hêtre commun. Ses noms vernaculaires sont divers, hêtre, fau, fayard, fouteau et existent dans toutes les langes européennes. Donc la nécessité d’un nom unique impose l’usage d’une langue commune et c’est le latin encore (la pression des chercheurs anglo-saxons est forte pour passer à l’anglais, ce qui est déjà presque acquis pour les niveaux élevés des classifications). Le hêtre en latin est nommé Fagus. C’est le nom du genre qu’on écrit avec une majuscule. Ensuite dans le genre Fagus une dizaine d’espèces sont décrites. Le hêtre commun est dit sylvatica en minuscules. C’est donc Fagus sylvatica. Les noms sont en latin, souvent de cuisine, mais les déclinaisons sont respectées, les arbres sont féminins en latin classique, mais les noms de genres modernes sont aussi masculins ou neutres, par exemple Asparagus acutifolius, l’asperge sauvage, ou Foeniculum vulgare, le fenouil commun. Parfois un trinôme peut apparaître. Les naturalistes distinguent des groupes plus petits que l’espèce dans certaines populations. C’est une sous-espèce ou une variété ou une forme qui est distinguée. Le troisième nom est alors précédé de subsp. pour sous-espèce, ou de var. pour variété, ou de f. pour forme, par exemple Fagus sylvatica f.purpurea : hêtre commun à feuilles pourpres. Les variétés ou races obtenues par l’Homme (on dit « cultivar » pour les végétaux) peuvent aussi être indiquées à la suite du nom scientifique par un mot d’une langue vernaculaire avec une majuscule, placé entre ‘guillemets simples’, Fagus sylvatica ‘Tricolor’ : un hêtre commun à feuilles pourpres maculées de rose et de blanc. Les hybrides sont signalés par un signe de multiplication x (un x minuscule est accepté si on ne dispose pas de x dans sa typo) placé entre les noms des parents ou devant l’épithète spécifique de l’hybride, par exemple l’hybride entre le hêtre commun et son cousin du Caucase est nommé : Fagus sylvatica x F. orientalis, ou F. x taurica. Enfin, si l’espèce n’est pas certaine mais le genre certain, on écrira dans le descriptif Fagus sp. Les noms latins doivent être écrits dans un autre corps que celui du texte où ils sont cités, ici l’italique en exemple.

10Les noms scientifiques sont suivis d’une lettre ou d’un groupe de lettres. Ce sont les initiales du descripteur de l’espèce. Ces initiales sont normées et des catalogues des auteurs sont mis à jour régulièrement. Ainsi le hêtre commun a été décrit par Linné, initiale L., qui lui a donné son nom Fagus sylvatica L. Un principe s’applique pour ce premier descripteur/dénominateur. C’est le principe dit « de priorité ». La communauté des botanistes a fixé des « points zéro » au-delà desquels les dénominations ne sont plus prises en compte. Pour les animaux c’est la douzième édition en 1757 du Systema naturae et pour les plantes, l’édition de 1753 du Species plantarum, deux ouvrages de Linné. Celui-ci est bien désigné ainsi comme le fondateur des nomenclatures du vivant. Mais par exemple, Tourenfort avant Linné dénomme le hêtre Fagus en 1698 dans son Histoire des plantes. La règle est cependant suivie dans la presque totalité des cas. Plus complexe est le problème des synonymes. En effet, il survient que deux naturalistes décrivent le même être vivant, le dénomme à deux moments différents. Il faut parfois bien du temps pour que le constat soit fait qu’il s’agit de choses identiques. Des naturalistes spécialistes de tel ou tel groupe sont à même de débusquer ces synonymies, de les argumenter et de les publier. Des tables de synonymes existent à la disposition des chercheurs.

11La dénomination scientifique n’est pas celle des individus. Elle est celle de groupes. C’est pourquoi elle est indissolublement liée aux classifications. Leur étude est la systématique. Elle est confondue avec la taxinomie (ou par glissement de l’anglais taxonomie, plus usitée en raison aussi d’une euphonie) qui en est une branche qui définit les taxons ou groupements sans en examiner l’articulation. Les groupes « de base » sont les espèces, ce sont elles qui sont d’abord décrites et dénommées. La dénomination de l’espèce est celle d’une population d’individus. Les individus décrits doivent être les représentants de ce groupe. L’objet scientifique de nombre de disciplines naturalistes se limite à l’espèce qui en principe est clairement délimitée. Or la définition de l’espèce est très délicate. Intuitive selon Linné, Darwin se garde bien de la préciser. Aujourd’hui celle énoncée par Ernst Mayr (1904-2005) en 1942 reste pertinente : « Les espèces sont des groupes de populations naturelles à l’intérieur desquels les individus sont réellement (ou potentiellement) capables de se croiser ; toute espèce est isolée, du point de vue de la reproduction, des autres espèces. » Le critère de la reproduction est donc essentiel même si pour les végétaux, c’est parfois plus flou.

12Le nom scientifique est donc générique et non individuel. Mais comment un être vivant est baptisé ? Quels sont les actes qui valident ce nom ? Un être vivant n’existe au regard des naturalistes que s’il est nommé, car il peut alors devenir objet de science, être répertorié, compté et entrer dans les analyses systémiques faites sur les milieux naturels. Un naturaliste de terrain découvre un objet vivant qu’il ne croit pas reconnaître. Il va le décrire très précisément. Il va ensuite le comparer à tous les êtres vivants en collections mortes – herbiers, zoothèques –, vivantes parfois – jardins botaniques, parcs zoologiques –, et ensuite dans toute la littérature publiée sur des espèces, groupes ou individus proches. Si l’ensemble de ces recherches permet de bien affirmer que l’espèce est nouvelle, il va la nommer, comme il veut mais en latin et selon la règle du binôme. Il va ensuite la situer dans la classification générale. Une fois publiée, la découverte devra ensuite attendre la lecture puis les réactions de la communauté scientifique concernée. Une publication rare ou ancienne, un herbier peu connu, pas encore informatisé pourraient receler un individu semblable déjà décrit et nommé. Une fois ce goulet passé, alors la nouvelle espèce sera retenue et son découvreur en sera le premier descripteur, celui dont les initiales suivront le nom de l’espèce. L’individu qui aura suscité cette description de l’espèce est déposé physiquement dans une collection naturaliste gérée par des scientifiques et sera dénommé « type » pour l’espèce en question. On y reviendra toujours pour comparer tout autre individu supposé de la même espèce. Il est vrai qu’alors, il faut faire abstraction des variations individuelles. Cela cache une part d’interprétation, même si aujourd’hui l’examen génétique des individus peut faire souvent preuve plus aiguë d’appartenance à la même espèce.

13La variabilité des individus dans les populations explique l’évolution des espèces qui repose en grande partie sur le mécanisme de la sélection naturelle. Cette variabilité est différente d’une espèce à l’autre et selon les conditions du milieu et surtout si elles changent, une espèce, voire une population de l’espèce, profitera mieux des nouvelles conditions. Cet avantage momentané se transmettra prioritairement, fera profit au groupe qui le possède et pourra lui permettre de survivre à des changements définitifs ou de s’adapter à de nouveaux milieux.

14Aujourd’hui, dénommer et classer les êtres vivants reste essentiel dans la connaissance des milieux, des écosystèmes. On parle de biodiversité et cette diversité n’est pas un vain mot. Selon les auteurs, les espèces vivantes seraient au nombre de 8 à 12 millions, dont seules 1,5 à 1,8 million sont décrites et nommées par les naturalistes ; 10 000 espèces nouvelles sont décrites en moyenne chaque année. L’inventaire du vivant est loin d’être terminé et maintes espèces disparaissent avant d’être vues par les naturalistes. Cet inventaire prélude à la description des écosystèmes. Lui seul n’en décrit pas la diversité, ni la complexité. Celle-ci doit intégrer les relations entre tous les êtres vivants. La biodiversité est un tissu dont les nœuds sont les espèces et les fils les interactions. À cela, et l’Homme a beaucoup profité d’elle, vient s’ajouter la diversité au sein des espèces, origine de la sélection des plantes et animaux-ressources, et au-delà vient la diversité des milieux dont l’imbrication rend la planète viable.

15Si nommer, c’est mettre à la conscience humaine un être vivant, c’est aussi classer pour mieux comprendre et peut-être agir au plus près de l’intérêt de l’Homme et de la Terre.