Le 2 juin 1958, le lendemain de son investiture par l’Assemblée nationale, de Gaulle écrit au Président Bourguiba pour lui dire « son intention de régler […] les difficultés actuelles entre nos deux pays et les conditions de leurs bons rapports pour l’avenir ». Il s’agit en effet de régler les suites de la crise de Sakiet Sidi Youssef, qui est d’abord une crise franco-tunisienne, ce qui se concrétise dès le 17 juin par l’accord sur l’évacuation de toutes les bases françaises, à l’exception de Bizerte.
Le 15 février 1969, alors que de Gaulle va quitter le pouvoir deux mois plus tard, il reçoit Habib Bourguiba junior, ministre tunisien des Affaires étrangères, qui exprime ses regrets des incidents qui ont marqué les relations franco-tunisiennes au cours des années précédentes. De Gaulle lui répond qu’« il n’y a pas de raison de prolonger l’éloignement qui s’était produit entre les deux pays ».
Entre ces deux moments d’apaisement, les relations franco-tunisiennes sont instables.
Deux facteurs généraux expliquent cette crise des relations de Gaulle-Bourguiba : d’abord, les rapports typiques entre un État décolonisé, qui cherche à reprendre différents leviers de pouvoir et de souveraineté des mains de l’ancienne métropole, dont la présence en Tunisie est très importante, que ce soit par le nombre de Français (80 000 en 1959), la propriété des terres, les investissements, l’effectif de fonctionnaires (700) et d’enseignants (1 200), sans compter l’imposante base de Bizerte…