Les nouvelles maladies émergentes

1Depuis la seconde moitié du xx^e siècle, l’homme est frappé par de nouvelles maladies : vih, zika, chikungunya, dengue, Nipah, mers-CoV, Ebola, grippe aviaire, sras-CoV-1, et aujourd’hui Covid-19. Il s’agit de maladies émergentes. Le terme « émergence » fait référence à l’apparition d’une maladie entièrement nouvelle, ou connue mais dont l’augmentation est anormalement rapide dans une région spécifique. Entre 1940 et 2004, ces maladies émergentes sont à 60,3 % des zoonoses dont la majorité d’entre elles (70,8 %) proviennent de la faune sauvage, un chiffre en augmentation au fil du temps [1]. Le mot « zoonose » vient des racines grecques zôon, animal, et nosos, maladie. Les zoonoses sont des maladies dues à des agents pathogènes (bactéries, virus ou parasites) qui se transmettent naturellement entre humains et animaux. Jusque-là, rien de nouveau dans l’histoire de l’humanité ! Nous sommes issus, nous les hommes, du monde animal et, depuis le Néolithique, c’est-à-dire depuis que nous avons commencé à déforester pour cultiver et à domestiquer les animaux, nous sommes infectés par des zoonoses. Nous devons la rougeole et la tuberculose aux vaches et aux bœufs, la coqueluche aux cochons, et la grippe aux canards. La peste nous a été transmise par les puces et les poux. Quant au virus de la rage, il est présent dans la salive des animaux et ils nous le transmettent en nous mordant. Toutefois, dans les années 1970, après l’éradication de la variole, le monde médical annonce la fin des maladies microbiennes.

2François Moutou, vétérinaire et épidémiologiste, spécialiste du sars-CoV-1, rappelait dans un entretien en mars 2020 :

3

« À partir des années 1970, de grands médecins et responsables de santé publique ont annoncé que les maladies infectieuses liées à des microbes, à des bactéries, à des virus, c’était terminé. Pour s’en prémunir ou les soigner, on a les antibiotiques, les vaccins et une hygiène extraordinaire. Les nouvelles maladies allaient être désormais celles liées à nos changements de mode de vie : les cancers, les maladies causées par l’obésité ou au vieillissement de la population. Ainsi, quand dans les années 1980 le sida est arrivé, ça a été un choc [2] ! »

Des épidémies de zoonoses en forte augmentation

4L’arrivée du Sida – qui est une zoonose – est survenue au moment où on a constaté l’augmentation des résistances aux antibiotiques et l’apparition de nombreuses maladies émergentes provoquant des épidémies. La base gideon, Global Infectious Diseases and Epidemiology [3], est la source disponible la plus complète sur les maladies infectieuses et parasitaires pour les humains. Elle montre à partir de 1960 une nette augmentation du nombre d’épidémies de zoonoses et une augmentation de leur diversité. Les émergences de zoonoses sont localisées en Asie du Sud-Est, une partie de la Chine, l’Inde, une partie de l’Amérique centrale et du Sud, les zones tropicales d’Afrique ainsi que les pays européens. La densité de la population joue un rôle majeur, en particulier en Inde et en Chine, comme les connections entre pays. Les mouvements de bétail vivant ont été démultipliés et le nombre de passagers en avion est passé de 330 millions par an en 1970 à 4 milliards en 2017 [4]. Toutefois, jusqu’à la Covid-19, à l’exception de la grippe H1N1, les épidémies dues aux maladies émergentes n’avaient fait que très peu de victimes en Europe. Selon Santé publique France, seul un cas de décès dû au sras-CoV-1 a été identifié en France. Clairvoyante, l’Organisation mondiale de la santé (oms) a inscrit en 2018 une maladie X (une maladie qui n’existait pas encore) sur la liste des pathologies susceptibles de présenter un danger à l’échelle internationale [5]. Aujourd’hui, on sait que cette maladie X est la Covid-19.

5Chercheur en écologie parasitaire et de la santé au cnrs et au Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (cirad), Serge Morand remarquait en mars 2020 :

6

« En octobre dernier, ce virus à l’origine de la Covid-19 était tout à fait tranquille dans une population de chauves-souris quelque part en Asie, et à peine six mois plus tard, il est présent dans toutes les populations humaines, sur l’ensemble de la planète. C’est quelque chose qui est totalement hallucinant. Très peu nombreux étaient ceux qui, travaillant en écologie de la santé, avaient prédit la prochaine peste, mais on ne pouvait même pas imaginer qu’elle serait d’une telle nature et d’une telle rapidité [6]. »

7En décembre 2019, lors d’un colloque organisé à Paris, Serge Morand avait toutefois choisi la Covid-19 tout juste apparue en Asie pour illustrer la maladie X de l’OMS. Avec un collectif d’écologues, il a lancé en avril 2020 une pétition invitant à rompre « avec le déni de la crise écologique [7] ».

8Selon le rapport de 2020 de l’ipbes, la plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques, on estime à 1,7 million le nombre de virus « non découverts » actuellement présents dans les mammifères et les oiseaux, dont 827 000 pourraient avoir la capacité d’infecter les êtres humains [8].

Des virus issus de la faune sauvage des forêts tropicales dégradées

9Les épidémiologistes attirent notre attention sur le fait que la plupart de ces maladies émergentes ont pour origine des virus issus d’animaux sauvages des forêts tropicales ou équatoriales, fortement dégradées ou totalement détruites. Le sars-CoV-2 serait issu d’un virus d’une chauve-souris rhinolophe asiatique. Serge Morand explique :

10

« Au départ, on a des habitats naturels, forestiers, cultivés de manière traditionnelle, c’est-à-dire avec de multiples cultures, de la jachère. Ces paysages abritent une importante biodiversité, ce qui les rend résilients. Ils ne sont pas sources d’épidémies. L’autorégulation des écosystèmes, ces équilibres maintiennent la circulation des virus “à bas bruit”. La transformation des habitats avec la déforestation, la monoculture, l’élevage qui a augmenté de façon considérable, font que ces territoires sauvages diminuent et les échanges augmentent entre les animaux sauvages et l’homme [9]. »

11Les hommes se rapprochent de plus en plus de la faune sauvage. La dégradation des forêts, soit la simplification des milieux, entraîne la perte d’un service écosystémique essentiel de la biodiversité : la régulation des maladies. Selon de nombreux experts et organismes, telle l’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (fao), l’augmentation des zoonoses coïncide avec l’accélération de la déforestation dans les régions tropicales [10].

12La déforestation a entraîné des épidémies de paludisme au Brésil ainsi qu’une recrudescence de la leishmaniose [11]. Plusieurs études ont souligné le rôle de la déforestation forestière dans l’émergence de maladies zoonotiques comme Ebola en Afrique. Ces exemples qui démontrent les liens entre épidémie et dégradation des forêts ou déforestation ne manquent pas. Contrairement à ce que l’on peut entendre parfois, la déforestation n’est pas la fin de la biodiversité et donc des problèmes ; c’est tout le contraire. Même dans une terre déforestée, il reste de la biodiversité. Et c’est d’ailleurs pendant les changements d’utilisation des terres que les animaux réservoirs zoonotiques sont favorisés, pouvant ainsi provoquer des épidémies. Serge Morand poursuit :

13

« Nos résultats suggèrent clairement que ce n’est pas seulement le défrichement qui est responsable des épidémies de maladies infectieuses, mais aussi le reboisement ou le boisement, en particulier dans les pays en dehors de la zone tropicale [12]. »

Des forêts tropicales en danger

14Les forêts tropicales sont incroyablement riches en biodiversité. Elles abritent au moins les deux tiers de la biodiversité mondiale, alors qu’elles couvrent moins de 10 % de la surface terrestre de la planète. Mais l’avenir de ces forêts est sombre en raison d’une déforestation massive, cause majeure de la perte de biodiversité [13]. Seuls 20 % des forêts tropicales sont considérés comme encore intacts [14]. Toutefois, la moitié des forêts intactes sont partiellement dépourvues de grands mammifères, chassés jusque dans les aires protégées [15]. Or ce sont souvent les grands mammifères qui régulent les animaux vecteurs de pathogènes. D’après l’ipbes, 100 millions d’hectares de forêts tropicales ont été détruits entre 1980 et 2018, dont 32 millions de 2010 à 2015. Ces terres servent essentiellement à créer des plantations de soja en Amérique latine, de palmiers à huile en Asie du Sud-Est et de cacao en Afrique. Ces matières premières sont toutes destinées à l’Europe : c’est ce qu’on appelle la « déforestation importée », contre laquelle une réglementation de Bruxelles devrait voir le jour en 2021.

15Les conséquences sanitaires de la destruction de la biodiversité sont encore mal appréhendées. C’est ce qu’a expliqué en mars 2020 Isabelle Autissier, alors présidente du wwf France, le Fonds mondial pour la nature :

16

« Il va falloir éviter au maximum la déforestation, l’assèchement des zones humides pour préserver une biodiversité résiliente et limiter ainsi les épidémies. D’autant que cette biodiversité n’est pas qu’un réservoir de virus, c’est aussi grâce à la biodiversité qu’on se nourrit, qu’on se soigne en partie, qu’on respire. Sans elle, nous ne pouvons pas vivre ! C’est bien pour cela que nous devons arrêter de la mettre à mal [16]. »

17C’est bien en préservant la biodiversité que nous nous prémunirons contre d’autres pandémies, et pourrons faire face aux effets de la crise climatique. Pour rappel, les arbres captent du carbone, gaz à effet de serre (ges), qui contribue à limiter le dérèglement climatique car les ges favorisent le réchauffement. Lorsqu’on coupe un arbre, son carbone (à peu près la moitié de son poids) est relâché dans l’atmosphère, ce qui aggrave la crise climatique.

La précarité des populations rurales et l’extrême pauvreté s’aggravent à l’échelle de la planète

18Enfin, de nombreux scientifiques attirent l’attention sur l’abandon du monde rural et son rôle dans l’émergence de nouvelles maladies [17]. Les campagnes comme leurs habitants sont de plus en plus absents de nos préoccupations et de nos politiques. Il en est de même du recul de la biodiversité. Or, la destruction des forêts et de leur biodiversité oblige les populations qui en dépendent à aller vivre un peu plus loin pour investir d’autres forêts. La multiplication de ces zones de contact entre hommes et faune sauvage accroît les risques d’émergence de nouveaux virus, et donc de nouvelles épidémies. L’extrême pauvreté joue donc également un rôle dans la propagation des zoonoses.

19Selon Jacques Tassin, chercheur en écologie forestière au cirad :

20

« Globalement, on observe de moins en moins de pauvres et de plus en plus de très pauvres à l’échelle de la planète. Ce sont des gens qui n’ont pas de terre et qui pour survivre n’ont pas d’autre choix que de trouver en forêt un bout de terre à défricher pour y cultiver du manioc, de l’igname ou autre. Ils s’installent avec leurs cochons, leurs poules et braconnent pour se nourrir. Eux-mêmes étant de santé précaire, ils vont être potentiellement de malheureux candidats pour devenir de futurs hôtes de virus [18]. »

21Or, pour la première fois depuis la fin des années 1990, l’extrême pauvreté va augmenter dans le monde. Selon un rapport de la Banque mondiale, d’ici à la fin de l’année 2021, la crise liée à la Covid-19 va faire basculer jusqu’à 150 millions de personnes sous le seuil d’extrême pauvreté, fixé à 1,90 dollar par jour (1,61 euro) [19]. En outre, l’ONU craint de multiples famines [20].

Un marché d’animaux vivants à l’origine du sras-CoV-2 ?

23Depuis le début de la pandémie, en février 2020, un marché d’animaux sauvages situé dans la ville de Wuhan est désigné comme étant le point de départ de la pandémie de Covid-19 [21]. Un marché connu pour proposer toutes sortes d’animaux vendus vivants, certains étant exotiques même pour la Chine. Ces marchés existent dans tout le pays et sont très fréquentés. En Asie et particulièrement en Chine, les animaux sont consommés pour leur symbolique et leurs supposées vertus thérapeutiques. C’est d’ailleurs déjà dans un marché d’animaux sauvages vivants que, en 2003, l’épidémie de sras-CoV-1 avait commencé. C’est là qu’est commercialisée la civette palmiste à masque, identifiée comme étant l’animal intermédiaire du sras-CoV-1. En Chine, ce petit mammifère est consommé à l’approche de l’hiver en raison de sa réputation d’apport en vitamines, car son alimentation comprend beaucoup de fruits – c’est l’équivalent du jus d’orange des Occidentaux au petit déjeuner. Les marchés d’animaux vivants ont été interdits en Chine à la suite de cette épidémie de sras-CoV-1, puis rouverts quelques années plus tard.

24Autre similitude, le sras de 2003 et la Covid-19 sont issus d’un virus de la même famille appelée coronavirus, provenant des mêmes chauves-souris, les rhinolophes, et aucun des deux n’a a priori la capacité d’infecter directement l’homme, comme l’explique Serge Morand :

25

« Il a fallu un autre animal pour qu’ils puissent acquérir les fonctions génétiques indispensables pour infecter les humains. Or, sur ces marchés, les animaux subissent un stress important, ce qui fait chuter leur défense immunitaire et favorise la propagation des virus [22]. »

Le trafic d’espèces sauvages au cœur des pandémies

26Aujourd’hui, on ne sait toujours pas si le pangolin est l’animal intermédiaire entre la chauve-souris et l’homme ayant permis la transmission de la Covid-19.

27Comme la civette palmiste à masque, le pangolin est un animal très consommé en Chine. Il est apprécié pour sa viande et ses écailles, qui sont recherchées pour les médecines asiatiques traditionnelles. Selon l’uicn, ce mammifère est l’un des animaux les plus braconnés au monde, on en tue 200 000 par an, et 56 pays seraient impliqués dans son trafic [23]. « Les pangolins chinois ayant disparu, leur chasse étant par ailleurs interdite, ceux mis en vente sur le marché de Wuhan étaient nécessairement issus de filières clandestines, importés en violation des dispositions de la convention cites [24] et de la loi chinoise sur la protection de la faune », estime Sébastien Mabile, avocat et président de la commission Droit et politiques environnementales de l’uicn [25].

28Ces dernières années, les élevages d’animaux sauvages se sont multipliés partout en Asie. Ils sont alimentés par le braconnage et le trafic, car la reproduction de ces espèces en captivité reste compliquée. Ces élevages permettent d’assurer l’approvisionnement des marchés d’animaux vivants afin de répondre à une consommation de viande qui a explosé ces dernières années en Asie. Selon le dernier recensement publié le 11 mai 2021, la Chine compte plus de 1,4 milliard d’habitants, dont le niveau de vie s’est nettement amélioré. Or, plus une population a des moyens, plus elle a tendance à consommer de la viande. Le pays pille désormais la faune sauvage des autres pays asiatiques et encourage même le trafic partout dans le monde, y compris dans l’Hexagone et l’outre-mer français, où quatre espèces sont particulièrement visées : les civelles (une anguille) du Sud-Ouest [26], les requins, pêchés dans les eaux de Polynésie française [27], les acoupas, ce poisson braconné dans les eaux de Guyane [28], et les holothuries des fonds marins de tous les outre-mer français [29].

29Après la déforestation et la dégradation des forêts, le trafic d’espèces sauvages est la deuxième grande menace sur les espèces au niveau mondial, mais on sait désormais que les enjeux sont également sanitaires et de sécurité nationale.

Les animaux d’élevage également en première ligne dans les épidémies

30Actuellement, l’hypothèse privilégiée par l’oms porte sur l’existence d’un animal hôte intermédiaire : un animal sauvage, ou un animal sauvage élevé en ferme, ou encore un animal domestique. Ce dernier cas de figure semble avoir les faveurs de nombreux scientifiques, d’autant que le nombre d’animaux domestiques a explosé en près de soixante ans, alors que la faune sauvage représente aujourd’hui à peine 5 % des animaux vivant sur la Terre [30].

31En 1960, on comptait sur la planète un peu moins d’un milliard de têtes de bétail. Elles étaient près de 1,6 milliard en 2017. Dans le même laps de temps, nous sommes passés de 5 milliards à 25 milliards de poulets. Certes, la population mondiale a plus que doublé, mais les spécialistes expliquent surtout ces chiffres vertigineux par une urbanisation massive, en particulier en Asie où, depuis 2015, la majorité de la population vit désormais en ville. Les changements de vie ont également entraîné des changements d’habitudes alimentaires. Parallèlement, les fermes-usines se multiplient, or il s’agit de lieux où les virus se répandent facilement.